Принципиальную позицию занимал А. А. Макаров и по делу бывшего военного министра Сухомлинова. Он отказался прекратить это дело, несмотря на высочайшее повеление.

Переполнила же чашу терпения Николая II «несговорчивость» генерал-прокурора по делу И. Ф. Манасевича-Мануйлова. Оно возникло в августе 1916 года и было довольно заурядным — шантаж банка. Давление в связи с этим делом шло и на министров внутренних дел А. А. Хвостова, а затем А. Д. Протопопова, и на генерал-прокурора А. А. Макарова. Причем оно было настолько сильным, что последний вынужден был даже заявить, что он примет меры к тому, чтобы «не относящиеся к существу обвинения Манасевича-Мануйлова факты были отброшены», и чтобы «предметом судебного разбирательства» было только его дело. Однако это не устраивало тех, кто стоял за спиной мошенника.

Дело было назначено к слушанию на 15 декабря, а накануне под вечер Манасевич-Мануйлов явился к следователю и заявил, что уже состоялось высочайшее повеление о прекращении дела, о чем ему Распутин сообщил телеграммой из Ставки. Об этом разговоре следователь сразу же поставил в известность прокурора судебной палаты Завадского. На следующий день прокурор узнал, что действительно генерал-прокурор А. А. Макаров получил телеграмму от императора. В ней была написано: «Повелеваю прекратить дело Манасевича-Мануйлова, не доводя до суда».

Макаров не стал беспрекословно выполнять это повеление. Он тут же написал всеподданнейший доклад о том, что не считает возможным прекратить дело без суда и просит не приводить в исполнение повеление императора до его личного доклада. Ответа на свою записку Макаров так и не получил.

20 декабря 1916 года последовал освобождении его от должности «согласно прошению» (которого он добровольно высочайший указ об не подавал), с оставлением членом Государственного совета и Сенатором. 1 января 1917 года А. А. Макаров получил чин действительного тайного советника, а 4 января возглавил Особое присутствие для предварительного рассмотрения всеподданнейших жалоб на решения департаментов Правительствующего сената. Управляющим Министерством юстиции был поставлен Сенатор Н. А. Добровольский.

После Февральской революции А. А. Макаров, как и многие другие бывшие министры царского правительства, был арестован. Он неоднократно допрашивался в Чрезвычайной следственной комиссии. Товарищ председателя этой комиссии С. В. Завадский признавался, что из всех узников Керенского были два министра, Макаров и Маклаков, при допросе которых он отказался присутствовать, и что его угнетали разговоры в президиуме комиссии о предании суду А. А. Макарова. Он объяснял это тем, что за пять месяцев совместной деятельности «увидел в нем, правда, человека, несомненно склонного к формальности, но умеющего много работать, спокойно и внимательно прислушивающегося к чужим мнениям и чужим возражениям, уважающего суд и не останавливающегося перед опасностью потери министерского поста, из-за отстаивания того, что ему представляется законным и должным». Макаров содержался в Петропавловской крепости. Ходатайство его об освобождении по состоянию здоровья, а также прошение жены, Елены Павловны, о переводе мужа в «Кресты» оставались без удовлетворения. Лишь только 27 сентября 1917 года следователь П. Г. Соколов, допросив в очередной раз А. А. Макарова в качестве обвиняемого, вынес постановление об изменении ему меры пресечения на «подписку о неотлучке из места постоянного жительства в Петрограде». 3 ноября, только после того, как Елена Павловна внесла за своего мужа залог в сумме 50 тысяч рублей, Чрезвычайная следственная комиссия освободила А. А. Макарова, «ввиду тяжелой болезни», о чем на следующий день выдала официальное удостоверение.