Отныне Пастер жил только радостью от трудов этой молодежи. Его последней работой была работа по бешенству, последней статьей — сообщение о результатах этой работы, опубликованное в Отчетах Парижской Академии наук в 1889 году. Но научная деятельность его института только еще разворачивалась. Ему довелось при жизни увидеть еще многое, что вышло из стен этого института, созданное умами его дорогих сотрудников.

В тот самый год, когда отмечался юбилей Пастера, во Франции вспыхнула холера. Возбудитель ее, открытый Кохом, еще не всеми признавался как специфический микроб холеры. Было много наблюдений, опровергавших специфичность вибриона, было много путаницы в этом вопросе, Мечников решил распутать узел. Он выехал в Бретань, добыл там материал от холерных больных и, вернувшись в свою лабораторию, пытался вызвать холеру у животных. Животные упорно не заболевали.

И Мечников сделал то, что, вероятно, сделал бы на его месте Пастер: сам проглотил полную пробирку культуры холерных вибрионов, чтобы на себе установить, являются ли они возбудителями болезни. Произошел научный казус, каких немало встречается в истории науки и объяснить которые почти невозможно: наглотавшись несметного количества микробов, Мечников не заболел.

«Ага, — подумал он, — быть может, этот вибрион вне организма ослабевает и превращается в вакцину. Нужно продолжить опыты».

Жюпиль, тот самый, который был вторым человеком, спасенным Пастером от водобоязни, героический мальчик-пастух, ставший теперь сотрудником Института Пастера, предложил провести эксперимент на нем. Мечников согласился.

И вдруг — опять непонятное явление — Жюпиль заболел. Заболел самой настоящей холерой, которую у Мечникова гораздо большее количество проглоченных микробов так и не вызвало…

К счастью для Мечникова, Жюпиль выздоровел. Илье Ильичу это стоило нескольких седых волос и твердого решения никогда больше не испытывать холерную культуру на людях. Но он не бросил свои исследования этой страшной болезни и после долгих месяцев добился возможности заражать ею лабораторных животных.

Главная работа Мечникова была посвящена фагоцитам. И бесконечной, изнурительной борьбе с противниками.

К тому времени, когда Мечников на Будапештском конгрессе выдержал решительный бой за фагоцитную теорию, метод искусственного иммунитета благодаря трудам Пастера был уже создан. Но как для самого Пастера, так и для его последователей механизм невосприимчивости организма к заразным болезням оставался неясным.

Мечников создал свою теорию на основании долгого научного опыта, и заключалась она в следующем. Всякий микроб, попадающий в организм, нарушает постоянство внутренней среды организма, и все защитные силы ополчаются против чужеродного существа или вещества. Главные силы, держащие оборону, — фагоциты, блуждающие клетки крови и соединительной ткани. Фагоцитоз — способность поглощать, растворять чужеродные вещества или существа, попадающие в организм, — физиологическая функция многих клеток и органов, направленная на поддержание постоянства внутренней среды.

Главными противниками теории Мечникова были сторонники гуморальной химической теории иммунитета во главе с Берингом. Речь шла о наличии в жидкостях — сыворотке крови, лимфе и др. — химических веществ, способных убивать и растворять чужеродные белки, в том числе микробы.

Мечников долго и детально изучал факты, на которых основывалась эта теория, и в конце концов доказал, что гуморальные факторы — антитела — создаются особыми клетками кроветворных органов.

Много лет спустя было доказано, что фагоцитная и гуморальная теории иммунитета не противоречат друг другу, что принципы теории Мечникова правильны и полностью подтверждены. В 1908 году Мечникову вместе с Эрлихом была присуждена Нобелевская премия.

Большая часть исследований была проведена Мечниковым еще при жизни Пастера.