Между тем Фёдор Никитич не мог не понимать, что клятвенное обещание Годунова никого не казнить смертью и в особенности не осуждать знатных лиц без согласия Боярской думы не может служить для защиты самих Романовых. Всем известно было, что знатнейших лиц царь Борис не судит. Излюбленным средством расправы над знатью была у Годунова ссылка (которая могла быть замаскирована почётным назначением на дальнее воеводство) и в ней тайное убийство.

Романовы не сказали ни слова против расправ над всеми, в ком Годунов видел соперников. Шпионы царя Бориса не могли найти никаких поводов для обвинения Фёдора Никитича с братьею — но беда приближалась неминучая.

Перемену в Годунове видели все; немногие, как, например, Романовы, хорошо знали, что ухудшение здоровья царя Бориса, заставляющее его судорожно выискивать и сметать все преграды, могущие стать на пути его любимого сына Фёдора к трону, лишь яснее выявило основные черты характера царя-опричника.

Под маской сердечной доброты и милости скрывался жестокий политический игрок, а ещё глубже крылся всё возрастающий, доходящий до безумия страх узурпатора священной царской власти. Уже при восшествии на престол Годунову чудились мятежи, «скопы и заговоры», тайные измены, яды и злые волхвования.

Чем крепче было положение Бориса на троне, чем отдалённее становились реальные угрозы его власти, тем более ужасалась душа царёва без видимой причины. Немало делавший для бедняков и восстановления справедливости, попранной сильными, Годунов со временем стал бояться выслушивать жалобы подданных и принимать челобитные. Неистово жаждавший популярности, Борис начал уклоняться даже от традиционных торжественных церемоний.

Шпионы и доносчики действовали вовсю, пыточных дел мастера старались, как могли. Но поверить в то. что трон защищён от малейшей опасности серьезного заговора, царь Борис, разумеется, не мог. Злохитрый враг мог действовать против него мистически: неблагоприятным влиянием созвездий, дурным глазом, вынутым следом, сожженным волосом или ногтем, сговором с нечистым, каким-нибудь ужасным заклинанием. Преследуя ведовство и поощряя «колдовские процессы», Годунов, естественно, сам старался овладеть этим тайным оружием.

Гадатели, звездочёты, кощунники, ведуны, волхвы и прочий сброд профессиональных мистификаторов наполнили тайное окружение узурпатора.

В деле против Романовых все эти тайные пристрастия царя Бориса объединились. Не получив от шпионов желаемых сведений о боярском заговоре, Годунов убедился, что его противники не иначе как колдуют: ведь не могут же они сидеть сложа руки! Услужливые шпионы поняли мысль хозяина и донесли, что Романовы готовят на царский род злоотравное зелье. Ход был банальный: свой страх перед отравой царь Борис явно демонстрировал, все кушанья его тщательно проверялись; от более тонких способов «изведения» самодержца защищали охраной каждого остриженного с него волоска и ноготка, наблюдением, чтобы никто не вынул след его ноги и т. п.

Романовы были щедры и верны традициям. Служба им гарантировала такую прочность положения, что настоящего изменника этим добрым хозяевам удалось сыскать лишь одного. Им, по словам составителя Нового летописца, оказался служивший казначеем у боярина Александра Никитича Романова прохиндей по имени Второй Бартенев. Он сам явился к главе шпионов, двоюродному брату царя Бориса Семёну Никитичу Годунову с предложением «чего изволите». Семён Никитич с облегчением вздохнул. Он уже утомился впустую пытать людей Романовых, схваченных по различным доносам, и подбивать их оговорить хозяев.

Знаменитый «Новый летописец» — замечательный памятник исторической литературы XVII в. — так рисует механизм расправы Годунова над знатью в контексте занимавшей его составителя темы предательства, высшей степенью которого были «доносы холопов на бояр».

«Искони же враг наш дьявол, — рассказал летописец, — не желая добра роду христианскому, приводя его к последней погибели, вложил в мысль царю Борису — захотелось ему в Московском государстве всё ведать, чтобы ничто от него утаено не было.