Царь и его советники приняли меры, чтобы выпутаться из ложного положения. Свергнув с помощью турок сурового к Паисию и Макарию Константинопольского патриарха, русское правительство спустя полгода восстановило председателей Большого церковного собора на Александрийской и Антиохийской кафедрах. Труднее было с их ближайшим помощником Паисием Лигаридом, который выдавал себя в Москве за митрополита города Газы, а оказался изверженным из сана и проклятым за связь с католиками. Но и его удалось временно, всего на месяц, "реабилитировать", употребив немалые дипломатические усилия и оделив Иерусалимского патриарха щедрой "милостыней". Пока же правительство спешило свернуть соборное обсуждение дела Никона.

12 декабря 1666 г. ему был объявлен приговор. Царя и большинства светских сановников не было на церемонии, проведенной в небольшой надвратной церкви Чудовского монастыря. Из духовных лиц не все являлись по своей воле, а Вологодского архиепископа Симеона, притворившегося больным, принесли насильно, завернув в ковер: так он и лежал в церкви в углу, плача о неправедном изгнании блаженного Никона. Принуждаемый подписать приговор, Симеон начертал: "Если это истина — да будет так; если же нет истины — я не утверждаю". Когда после угроз и сетований приговор был подписан, в церковь ввели Никона. Он молчал, пока читали греческий текст, но когда архиепископ Рязанский Иларион стал читать русский перевод, заявил, что "вины его написанные — все ложь и клевета!".

"Убийца, блудник, хищник!" — завопил Иларион, которого сам Никон рукоположил в архиереи. Но осужденный уже сдержал себя: "Чадо, благодать на устах твоих", — кротко сказал он и замолчал. Лишь когда восточные патриархи приказали снять с изверженного черный монашеский клобук, не сдержался: "Хоть собор сей и осудил меня неправедно, хоть дела мои не бывшие обличили меня, но священномонашеский образ я сохраню до исхода души моей. Вы же делайте, что хотите, ибо вы пришельцы здесь, пришли из далечайших стран и с концов земли не для того, чтобы благо или мир сотворить, но пришли из турецкого порабощения как просители, чтобы и себя обеспечить, и туркам дань воздать".

"Вопрошаю вас, откуда вы взяли законы, чтобы так дерзновенно творить? — говорил Никон. — Если бы и был я повинен и осуждения достоин, почему творите сие тайно, как тати?… Или я по благодати Святого Духа паству свою и пастырский жезл в этой церковке восприял?! Истинно, что и саму эту церковку я построил!… Я избранием Пресвятого Духа, желанием и прилежным слезным молением царя Алексея Михайловича, после его страшных клятв… восприял патриаршество в соборной церкви перед всенародным множеством. И если желаете ныне неправедно меня осудить и извергнуть, идем в церковь, где я восприял пастырский жезл!"

"Там или здесь — все едино, — ответили восточные патриархи, — все советом царя и собора архиереев совершается!" Отрабатывая мзду, сановные греки сами кинулись на Никона и содрали с него клобук с жемчужным крестом и драгоценную панагию, усыпанную самоцветами. "Как вы есть пришельцы и невольники, — сказал Никон, — то разделите драгоценности между собой, может, на некоторое время тем отраду себе обретете!"

Боясь народного возмущения, власти не объявили о низвержении Никона.