Боясь народного возмущения, власти не объявили о низвержении Никона. С него даже не сняли архиерейскую мантию и не отняли посоха. Лишь сопровождавшие низвергнутого патриарха архимандриты кричали на него, требуя молчать, а стрельцы хватали тех, кто проявлял к Никону сочувствие. Царь не появился, но прислал ссыльному деньги и теплую одежду, прося благословения себе, царице и всему их дому. Алексей Михайлович опечалился, не получив благословения, но был более озабочен тем, как избежать смуты: велел объявить, будто "Никон патриарх пойдет из Кремля в Спасские ворота и по Сретенке". Народ удалился в эту сторону, а быстрые кони повлекли возки с Никоном и его спутниками через Каменный мост в Арбатские ворота столицы. Более тысячи стрельцов участвовало в этой операции. Алексей Михайлович думал, что отделался от Никона.

Заточенный в Ферапонтов монастырь Никон был уверен, что Алексей Михайлович не сможет забыть "собинного друга" и устрашится небесной расплаты за свои деяния. Это сознание поддерживало ссыльного многие годы. Через наказы охранявшим Никона приставам царь то мучительствовал над опальным, то осыпал его подарками, моля "о умирении… благословении и прощении". Узник обещал простить государя при личной встрече и подписывался: "Смиренный Никон, милостью Божиею патриарх". Не идя на риск встречи с Никоном, Алексей Михайлович просил прощения даже в завещании. Опальный был непреклонен и к покойнику: "Воля Господня да будет! Раз он здесь с нами прощения не получил, то в страшное пришествие Господне судиться будем!" На воздвигнутых вокруг Ферапонтова больших крестах он писал: "Никон Божией милостью патриарх… в заточении за слово Божие и за святую Церковь на Белеозере в Ферапонтове монастыре в тюрьме".

Молодой царь Федор Алексеевич привел в ужас духовенство, пожелав освободить Никона, чтобы тот мог достроить Новый Иерусалим. Третий после Никона патриарх Иоаким отказал царю наотрез. Он добился следствия над Никоном по 300 обвинительным статьям и заточения его в угарной келье Кирилло-Белозерского монастыря. Лишь при известии о смертельной болезни опального царь именным указом освободил Никона и всех его товарищей из заточения, позволив вернуться в Новый Иерусалим.

Толпы людей приветствовали его на пути по Шексне и Волге, мечтая принять благословение. Никон уже привычно командовал царскими чиновниками, но 17 августа 1681 г. скончался в пути. Царь Федор Алексеевич перенес его гроб в Новый Иерусалим, похоронил как патриарха и добился на Востоке разрешения поминать в этом чине. Через полгода после смерти Никона были сожжены Аввакум, Лазарь, Епифаний и другие борцы за старую веру, проклятые как еретики "соборищем" 1666 — 1667 гг., которое свалило их врага и объявило о Расколе русской церкви.