Настаивая на своих правилах монашеской жизни, он поссорился с братией и основателем скита, суровым отшельником Елиазаром Анзерским Рыбачью лодку, на которой Никон ушел от гнева братии в Белое море, буря прибила к Кий-острову. В честь спасения он поставил на камне крест и сказал рыбаку: "Если Бог восхочет и подаст помощь — здесь устрою монастырь Крестный". Скитаясь по Северу с пустой котомкой, Никон обещал отплатить бедной вдове на берегу реки Онеги, спасшей его от голодной смерти. И отплатил. Когда местные поморы были приписаны к построенному им Крестному монастырю, освободил ее потомков от податей.

В скитаниях Никон набрел на Кожеозерскую пустынь. Игумен и братия приняли монаха, взяв вместо вклада переписанные им книги: "Полуустав" и "Канонник". Никон стал священствовать, затем построил келью на уединенном островке и жил там, ловя рыбу. В 1643 г. братия умолила отшельника стать игуменом. Никон долго отговаривался, но все же пошел в Великий Новгород и поставлен был митрополитом Аффонием в игумены.

Через три года он поехал по нуждам Кожеозерской пустыни в Москву и познакомился там с людьми, боровшимися за истинное благочестие. Их печалило состояние церкви, которое не мог исправить мягкосердечный патриарх Иосиф. Надежда была на царя: он один в мире остался опорой и хранителем вселенского православия, преемником византийских императоров. С царя, убеждали ревнители благочестия, взыщет Бог за нерадение в делах церковных, отчего и карает Господь царство Российское. Ревнители обличали священников, что омраченные пьянством безобразно вбегают в храм и отправляют службу без соблюдения устава и правил, поют и читают в пять- шесть голосов одновременно, чтобы быстрей закончить. Обличали пьяную, разгульную и развратную жизнь монахов, что любя серебро, золото, украшения келейные и одежды великолепные, желают достигнуть любви власть имущих пирами и взятками. Обличали архиереев, что занимают кафедры, не искушенные иноческой жизнью, подчиненных от неистовства не удерживают, но сами роскошью величаются. Удивительно ли, что простые люди в церквах бесчинствуют и грубые языческие игрища творят?!

Особенно сошелся Никон с протопопом кремлевского Благовещенского собора Стефаном Вонифатьевичем, духовным отцом царя Алексея Михайловича. Воспитанный в страхе Божием, недавно вступивший на престол 16-летний Алексей Михайлович трепетно воспринимал наставления духовника. Всюду искал Стефан добродетельных священников, ставя их царской милостью на должности протопопов в знаменитые храмы, где они могли учить народ. Задержавшись в Москве, Никон подружился с людьми из кружка Стефана и часто беседовал с ними об укреплении благочестия. В Казанском соборе служил отысканный Стефаном в Нижнем Новгороде Иоанн Неронов, заведший в службе строгое единогласие, чтобы богослужение всем было внятно. В собор приезжал посреди торга и сам царь с семьей — слушать поучения. Нашел Стефан пламенного протопопа Аввакума Петрова, послав его бороться с пороками в Юрьевец Польской. В Кострому был направлен ревностный протопоп Даниил. В Муром поставлен неутомимый проповедник протопоп Логгин. Истово учили людей романо-борисоглебский поп Лазарь и другие ревнители благочестия.

Привел Стефан к государю и кожеозерского игумена Никона. Алексей Михаилович был покорен убежденной верой и религиозным рвением нового знакомого. Около 1646 г. по желанию царя Никон был посвящен в архимандриты московского Новоспасского монастыря — родовой обители Романовых. Молодой царь возлюбил душеспасительные беседы с Никоном и велел ему регулярно к себе приезжать.