Был и еще один фактор, одно влияние, признавать которое русским историкам не хотелось. В момент, когда решалось, кто будет вести Русскую церковь курсом единения с православным Востоком и Украиной, а проще — кто займет в ближайшем будущем место Новгородского митрополита — ступени к престолу Московского патриарха, в столицу прибыл патриарх Иерусалимский Паисий. Искушенный в интригах грек на первой же аудиенции у государя обеспечил себе хороший прием, задев чувствительные струны московских властей:

"Пресвятая Троица, Отец, Сын и Святой Дух, едино царство и господство, благословит державное ваше царствие! Да умножит вас превыше всех царей… сподобит вас благополучно восприять превысочайший престол великого царя Константина, прадеда (то есть предка. — А. Б.) вашего, да освободит народ благочестивых и православных христиан от нечестивых рук… Будь новым Моисеем, освободи нас от пленения; как освободил он сынов израилевых от фараонских рук жезлом — так ты знамением честнаго животворящего креста".

Далее Паисий постарался делом подтвердить свой любимый тезис, что греки были и есть "учителя веры". Он вел богословские беседы со Стефаном Вонифатьевичем, отвечал на многочисленные вопросы царя, передал патриарху Иосифу древнюю рукопись греческой "Кормчей" для исправления русской и т. п. Особый интерес Паисий проявил к архимандриту Никону, усмотрев в нем восходящую звезду Русской церкви. Долгое время Никон ограничивал свои отзывы о Паисий замечанием, что тот укорял его за искажение русскими церковных книг и обрядов, в частности, за неправильное сложение перстов при крестном знамении. Никон не желал признать, что беседы с хитроумным Паисием были и в духовном, и в мирском плане значительно более содержательны. В конце концов, по вопросам ритуала Паисий беседовал и с патриархом Иосифом, даже договорился с ним относительно общего греко- русского обряда поста на четыредесятницу и времени совершения литургии. С Никоном же Паисий активно искал сближения, стараясь одновременно поднять его авторитет в глазах царя.

Перед наступлением Великого поста Паисий обратился к самодержцу с заказанным ему богословским рассуждением и, наряду с благими пожеланиями, прибавил: "Еще когда я был при Вашей милости в прошлые дни, говорил я с преподобным архимандритом Спасским Никоном, и полюбилась мне беседа его; и он есть муж благоговейный, и досуж, и верен царствию Вашему, Прошу, да будет свободно приходить к нам беседовать на досуге, без запрещения великого Вашего царствия". Похвала от высокого для царя авторитета помогла Никону занять Новгородскую митрополию.

Вскоре после того, как Никон был поставлен в митрополиты, Паисий послал Алексею Михайловичу письмо: "Похваляем благодать, что просветил Вас Дух Святой и избрали Вы такого честного мужа, преподобного инокосвященника и архимандрита господина Никона, и возвело его великое Ваше царствие на святой престол святой митрополии Новгородской. Он достоин утверждать церковь Христову и пасти словесных овец Христовых, как глаголет апостол: "Таков нам подобает архиерей" — и будем молить Бога о многолетнем здравии великого Вашего царствия". Со своей стороны, Паисий просил разрешения почтить Никона мантией из святых мест. Ни о ком другом Иерусалимский патриарх подобным образом не высказывался, ни за кого другого из русских не просил.

О чем реально беседовали Паисий с Никоном, чем так "полюбились" патриарху эти беседы и особенно сам Никон, нетрудно догадаться, использовав записи живых бесед, которые вел с греками и тем же Паисием Арсений Суханов. Арсений отстаивал взгляды, присущие основной части русских богословов, он говорил то же, что после краткого периода своих реформ повторял Никон.