В Великий Новгород часто приходили царские послания, исполненные мудростью (не от Стефана ли Вонифатьевича?) и любовью к митрополиту. Алексей Михайлович постоянно изъявлял желание видеть Никона в Москве и наслаждаться беседой с ним. Несмотря на отговорки, что в епархии еще много дел подлежит устроению, каждую зиму царь призывал Никона в Москву и подолгу не отпускал. Столица тогда кишела разными мнениями, все отстаивали свои взгляды. Паисий Иерусалимский оставил в России подопечного — Арсения Грека, но тот по доносу других греков был сослан на Соловки. Паисий не унывал и прислал в Москву знавшего славянский язык Назаретского митрополита Гавриила. Тот читал в московских храмах проповеди, переводил книги, беседовал с царем и церковными властями. Никон хорошо помнил настойчивость, с которой грек указывал ему на неисправность русских богослужебных книг и обрядов, требовал сопоставления их с греческими.

Вскоре на помощь Гавриилу Паисий прислал в Москву Гавриила-Власия, митрополита Навпакта и Арты, давно сотрудничавшего с русской разведкой на Востоке. Рекомендованный Паисием как "премудрый учитель и богослов великия церкви Христовы", каких "в нынешних временах в роде нашем не во многих обретается", митрополит был уполномочен "отвечать за нас во всех благочестивых вопросах православныя веры". Аналогичную рекомендацию дал Гавриилу-Власию патриарх Константинопольский Иоанникий. Греки оказывали усиленное давление на московское правительство и наедине беседовали с Никоном об исправлении русских книг и обрядов, не забывая о "милостыне" для своих епархий.

Общаясь с греками, царем Алексеем Михайловичем и Стефаном Вонифатьевичем, Никон сохранял добрые и дружеские отношения с имевшим большое влияние кружком ревнителей благочестия. Нетрудно было догадаться, что объединяло столь разных людей, как, например, Аввакум и Федор Ртищев, Стефан Вонифатьевич и Гавриил-Власий. Все они признавали главенство царя Алексея Михайловича над Российской церковью и его мессианскую роль в мировом православии. Противником для разных по взглядам на церковные книги и обряды людей неожиданно для многих оказался самый безобидный из иерархов, не принадлежавший явно ни к одному направлению — патриарх Московский Иосиф.

Патриарх долго молча сносил вмешательство в церковные дела придворных, а особенно царского духовника и ревнителей благочестия. Иосиф видел, что его оттесняют от управления Церковью, лишают инициативы в поставлении архиереев, настоятелей монастырей и протопопов. Конец его терпению пришел зимой 1649 г., когда царь указал провести церковный собор о единогласном пении. Алексей Михайлович ясно дал понять, что желает утверждения единогласного пения и осуждения церковной службы, исполняемой одновременно множеством голосов, поющих и читающих разные тексты. Патриарх взбунтовался.

Церковный собор, собравшийся в государевом дворце 11 февраля, подавляющим большинством во главе с патриархом постановил, что от введения в некоторых храмах на Москве единогласия учинилась молва великая и православные люди всяких чинов из-за долгого и безвременного пения от церквей Божиих стали отлучаться. Посему собор уложил: как было богослужение во всех приходских церквах прежде, так тому и быть, а вновь ничего не всчинать. Сторонники единогласия были повержены.

Конечно, патриарх Иосиф был кругом не прав.