В 1651 г. в Москве был собран новый церковный собор, подчинившийся решениям константинопольского патриарха: "Петь во святых Божиих церквах чинно и безмятежно на Москве и по всем градам единогласно… псалмы и псалтирь говорить в один голос тихо и неспешно со всяким вниманием". Тогда Никон не придал значения повороту, произошедшему в отношении патриарха Иосифа к грекам, а поворот этот был значителен. Московский собор под председательством патриарха не счел нужным даже упомянуть о решениях константинопольского, но демонстративно сослался на русский источник — постановление Стоглавого собора XVI века.

Более того, московский собор принципиально отверг на будущее согласование древних русских церковных книг и обрядов с греческими. Не в силах бороться с окружением царя, патриарх отвергал официальную грекофилию как оружие светской власти против российского священства. Пройдет время, и Никон должен будет пойти по тому же пути. Тогда он вспомнит вызывавшие насмешку жалобы Иосифа, что "уже третье лето есть биен от свадник, терпя клеветные раны", когда сам захочет воскликнуть: "Переменить меня, скинуть меня хотят!" Но учиться на чужом примере будет поздно…

Сочувствовать Иосифу в 1649 — 1650 гг. Никону мешало не только самомнение, но и грозные события в епархии. Восставшие граждане бревном вышибли ворота Софийского дома, в котором Никон спрятал воеводу и тех дьяков и стрелецких голов, что сумели бежать под защиту митрополита. Остальные были убиты или брошены в застенки вместе с немцами, скупавшими по указу боярина Б. И. Морозова хлеб, мясо и рыбу в голодное время. Никон, вскинув руки, пытался остановить народ, и пал под ударами камней и дубин как "самый заступник изменничей и ухранитель". Благонамеренные граждане защитили упавшего, а устрашенный преступлением народ рассеялся, не разгромив митрополичьих покоев, где был скрыт воевода.

Очнувшись, Никон приказал звонить в большой колокол Святой Софии, собрать всех архимандритов и игуменов Великого Новгорода. С иконами и крестами духовенство двинулось по мосту на Торговую сторону. Народ пропустил их до собора Знамения Богородицы и позволил совершить литургию, после которой израненный Никон на санях поехал на Ярославово дворище, где бушевало народное собрание. "Если зрите во мне какую вину или неправду к царю или Российскому царствию, то мне сказав, убейте меня!" Возмутители не подняли на него руку, толпа стала расходиться. Никон велел отвезти себя в Софийский собор и поименно проклял главных бунтовщиков. Но это не остановило новгородцев. Послав царю Алексею Михайловичу челобитную об очищении государства Российского от изменников, они освободили из темницы прикованного цепью за шею митрополичьего дворецкого Ивана Жиглова и избрали его воеводой, придав в помощь других избранных начальников.

Близ Новгорода поставили стражу, слугам митрополита опасно было ходить по городу, он отсиживался на Софийском дворе, но не прекращал борьбы с восстанием. Никон нашел человека, способного тайно доставить в Москву его послание, вступил в переговоры с богатыми и влиятельными новгородцами, убеждая ради спасения города склонить народ повиниться перед государем. От Алексея Михайловича Никону были тайно доставлены две грамоты. Одна содержала похвалы его действиям, другая предназначалась для объявления народу перед земской избой. Она гласила, что новгородцы должны просить у митрополита прощения своим великим согрешениям. Если митрополит простит, то и великого государя будет милость, иначе все будут смерти преданы.

Наступающая на город армия князя Ивана Хованского заставила восставших прислушаться к обещанию Никона в случае покаяния добиться у государя прощения участникам волнений. Церемония покаяния была обставлена пышно. Новгородцы в Софийском соборе со слезами просили Никона о заступничестве. После трехчасового поучения митрополит отпустил им грехи и освободил от проклятия.