В начале 1652 г. царь решил перенести в Успенский собор Кремля мощи низвергнутых его предшественниками московских первосвященников: митрополита Филиппа с Соловков, патриархов Иова из Старицы и Гермогена из Чудова монастыря. Убиенный по приказу Ивана Грозного Филипп был самым важным в глазах Никона — за его останками он поехал из Москвы лично, презрев непогоду. Даже в устье Онеги ветер поднимал большие валы, но Никон не устрашился вывести флот в бурное море. Ужасный шторм унес в пучину ладью с государевым дьяком и дворянами, прочие были выброшены на берег. Никон сел в новую ладью и повел караван к Соловкам. Он знал, что храним благодатью Божией и не погибнет, пока не исполнит миссию освобождения Российской церкви от власти земных владык. Взяв мощи Филиппа митрополита на Соловках, Никон под плач монахов тронулся с ними к Москве. В городах и селах люди выходили встречать святыню с крестами и иконами. В разгар триумфального шествия Никон получил от царя весть, что умер патриарх Иосиф, просивший похоронить себя у ног многострадального Иова. Никон отмахнулся от этой подробности, его увлекли слова: "ожидаем тебя, великого святителя, к выбору".

Не как удобный государю кандидат в патриархи пришел Никон к Москве, но как завоеватель с непобедимым оружием — благодатью Божией и мощами святого Филиппа, чтобы заставить власть светскую всенародно покаяться в притеснениях и оскорблениях, какие она нанесла власти духовной. Огромные толпы народа и все духовенство, включая крайне дряхлого владыку Ростовского и Ярославского Варлаама, двинулось навстречу Никону. Варлаам скончался, немного не дойдя до мощей. Алексей Михайлович со своим двором не отставал от духовенства, подавая пример благочестия.

В присутствии бояр, духовенства и бесчисленного народа царь целовал мощи Божьего угодника и приветствовал их "пришествие" в Москву, "чтобы разрешить согрешение прадеда нашего, царя и великого князя Иоанна, совершенное против тебя (Филиппа. — А. Б.) неразсудно завистию и несдержанною яростию". Преемник кровавого тирана на престоле признавал конечную победу мученика над мучителем, духовного пастыря над светским владыкой. "Преклоняю сан свой царский, — обращался Алексей Михайлович к мощам митрополита Филиппа, — за согрешившего против тебя, да отпустишь ему согрешение своим к нам пришествием, да уничтожится поношение, которое лежит на нем за твое изгнание; пусть все уверятся, что ты примирился с ним. Умоляю тебя и честь моего царства преклоняю пред честными твоими мощами, повергаю к молению всю мою власть, приди и прости оскорбившего тебя напрасно… Оправдалось на тебе евангельское слово, за которое ты пострадал, что всякое царство, разделившееся внутри себя, погибнет; и теперь у нас нет прекословящих тебе, нет ныне в твоей пастве никакого разделения".

За покаянием перед Филиппом самодержец просил благословения у Никона. Тот с мощами вступил под своды кремлевского Успенского собора, куда три дня непрерывно шли толпы народа, исцеляясь у раки святого и от возлагаемых рук Никона, прославляя двух митрополитов, почившего и ныне здравствующего. Богатые дары получил Никон от государя — села и деревни в доход новгородского Софийского дома, множество одежд, вид которых мог вспомнить и в старости… Главная награда воспоследовала 25 июля 1652 г., когда на новгородское подворье явилась толпа духовных и светских чинов звать в Успенский собор избранного патриарха. К их удивлению, Никон отказался идти. И в другой раз отказался, и в третий, еще решительнее. Пришлось царю послать величайших бояр, чтобы против воли вести Никона в собор. Но и там, называясь смиренным, неразумным и недостойным, Никон отвечал отказом, пока царь не пал на колени со всем народом, со слезами моля его стать верховным пастырем всему государству.

Никон потребовал у царя и чиновных людей клятвы слушаться его — "иначе не буду патриархом".