После восстаний в столице и других городах в 1648 — 1649 гг. искры недовольства тлели повсеместно, в соседнем Пскове пылал настоящий пожар. Купцы, продававшие хлеб за границу и взвинтившие цены, были перебиты, как государственные изменники, воевода брошен в темницу. Славленый полководец князь Федор Федорович Волконский-Меринов взялся подавить восстание силой убеждения, вошел в город без войска и с проломленной головой сидел в застенке вместе с архиепископом. Слух о жестоком подавлении восстания в Новгороде мог помешать усмирению псковичей, они способны были расправиться с арестованными.

По совету Никона командующий карательной армией Хованский посылал для переговоров множество дворян и горожан. Никон писал новоизбранному совету Пскова и всем гражданам, обещая в случае раскаяния выступить их заступником перед царем. "Передайте своему митрополиту, — заявили псковичи, — что его мы отписок не слушаем. Будет с него и того, что Новгород обманул, а мы не новгородцы, повинных нам государю слать незачем и вины над собой никакой не ведаем!" "Хотя бы и большая сила ко Пскову пришла, — заявили они, — так не сдадимся!" Первыми атаковав царские войска, горожане отбросили их от стен и день за днем ходили на вылазки. Никону раньше, чем в столице, стало известно о поддержке псковичей крестьянами, отряды которых практически окружили войско Хованского под городом, как и о переходах солдат на сторону восставших. Послания Новгородского митрополита помогли остудить слишком горячие головы в Боярской думе. На переговоры с восставшими был отправлен епископ Коломенский Рафаил с большой свитой духовенства.

Псков, как и Новгород, должно было умиротворить священство, а не царство. Успех переговоров предопределили милостивые условия, которые священнослужители сумели выговорить у светской власти перед отъездом из столицы. Царь Алексей Михайлович, согласно желанию Никона и его единомышленников в освященном соборе, снимал с псковичей обвинение в государственной измене и позволял объявить им свою милость. Восставшие получали прощение, "не принося своих вин", только освободив арестованных и впустив в город нового воеводу. Разумеется, после "утишения" восстания главных смутьянов можно было тайно схватить, но в целом дело закончилось мирно.

Никон показал самодержцу силу священства в поддержании внутреннего мира, столь драгоценного для России, едва оправившейся от гражданской войны начала XVII в. и вновь сотрясаемой народными бунтами. Алексей Михайлович понимал, что если во время восстания 1648 г. он потерял пуговицу, отверченную излагавшим требования москвичей простолюдином, то при другом стечении обстоятельств он мог потерять голову, что и произошло с его братом Карлом, или столицу, подобно брату Людовику". Знали в Москве и о кровавом восстании в Турции. Российское правительство, первым в Европе разорвавшее отношения с цареубийственным английским народом и последовательно боровшееся за реставрацию Стюартов, не могло не связывать успех парламентского мятежа с жестокой религиозной смутой, много лет потрясавшей островное королевство. Укрепление веры и Церкви было необходимо Алексею Михайловичу не только для внешнеполитических успехов, но и для поддержания трона. Начинать следовало с себя.