"Цари и царства сменяют друг друга, — говорил Иерусалимский патриарх. — Так было в ветхозаветные времена, так продолжалось и после пришествия Христова. Все бренно в этом мире, и власть земная не исключение. Еще властвовали над миром римские тираны, а святая Церковь уже стояла, уже управлялась епископами. Пала Византийская империя, но и под владычеством магометан хранится неповрежденно христианство на ее землях, сохраняется благочестие, ибо непоколебимо в гонениях и притеснениях православное священство. Следовательно, священство превыше царства…"

Искра этой мысли пала на подготовленную почву. Никон никогда не отрекался от впитанного с детства чувства гордости за русское православие. Но если вопрос стоял о первенстве священства перед царством, Никон готов был забыть все обвинения против греков, смириться с их гордыней и использовать ее для укрепления власти архиерея на Руси. Царь и двор хотят единства с греками — он пойдет дальше их, но к своей цели! Греки хотят называться в Москве учителями — он найдет им дело к конечной славе церкви Российской. Ученые малороссы горят желанием исправлять русские книги — они будут использованы для создания единых печатных книг, достойных первой и величайшей Поместной православной церкви. Иллюзию единства славянского православия с христианством "учителей веры" — греков — стоило поддержать потому, что это мнимое единообразие импонировало царю, а отдаленные греки в качестве наставников выглядели симпатичнее, чем местные "ревнители", из которых каждый был убежден, что знает истину, а все несогласные есть церковные мятежники, противящиеся преданию святых апостолов и достойны изгнания из Христова стада. Никон сам был таков: и он, в числе "ревнителей", заставлял в бессилии плакать патриарха Иосифа, но был достаточно прозорлив, чтобы не сыграть такую же роль. Грек предложил ему не просто выход, но возвышенную идею, служение которой оправдывало все жертвы.

Окрыленный после бесед с Паисием личной, а не царской или "ревнительской" миссией, Никон устремился к архипастырскому престолу. В 1649 г. он был посвящен на Новгородскую митрополию, оставленную дряхлым Аффонием. Тот приветствовал преемника возгласом: "Благослови мя, патриарше!" "Нет, отче святый, я грешный митрополит, а не патриарх, ты меня благослови", — ответил Никон. "Будешь патриархом! — рек старец. — Потому благослови меня первым". И, приняв от Никона благословение, сам его благословил.

Утверждая высоту пастырской власти, новый митрополит на Софийском дворе лично разбирал распри и творил суд праведный. Во время голода открыл погребную палату, чтобы каждый день кормить 200 — 300 бедняков. Каждую неделю из митрополичьей казны бедным раздавались деньги, каждое утро приходящим вручался каравай хлеба. Из личных денег каждый раз давал Никон бедным рубль или два. Для тех, кто требовал ухода, митрополит устроил четыре богадельни, испросив у государя средства на их содержание. Получив от царя разрешение рассматривать вины заточенных в тюрьмах, Никон спасал неправедно осужденных и отпускал на волю покаявшихся. Он с гордостью рассказывал, как многих спас от бед и к радости государя надзирал за царскими властями, не давая творить народу обид и разорения.

По самоощущению, переданному его келейником Иоанном Шушериным, Никон был Священного Писания изрядный сказатель, боговдохновенной беседой украшен, глас имел благоприятен и слушающим увеселителен, а непокоряющимся Богу и святой Церкви страшен. Не было тогда, вспоминал Никон, не только равного мне архиерея, но и подобного! Не ленясь, как многие, часто сам совершал я литургию в храме святой Софии Новгородской, особенно по воскресеньям и в праздники.