Внутренняя политика Петра III тоже у многих вызывала протест. Едва ли не самое сильное недовольство правлением Петра III проявляла гвардия. Гвардейские полки, Преображенский и Семеновский, при инициаторе их создания Петре Великом имели репутацию самых боеспособных частей русской армии. Кроме того, эти полки являлись своеобразной школой, где дворянские отпрыски практически овладевали навыками военного дела, чтобы продолжить службу офицерами в полевых полках.

При преемниках Петра I гвардия стала постепенно утрачивать прежнюю славу, превратившись в изнеженное воинство, распоряжавшееся троном. При ближайших преемниках Петра I командирами гвардейских полков числились монархи. «В правление императрицы Елизаветы, — писал Шумахер, — они привыкли к безделью. Их боеготовность была очень низкой, за последние двадцать лет они совершенно разленились, так что их стоит рассматривать как простых обывателей, чем как солдат. По большей части они владели собственными домами, и лишь немногие из них не приторговывали, не занимались разведением скота или еще каким-либо выгодным промыслом. И этих изнежившихся людей Петр III стал заставлять со всей мыслимой строгостью разучивать прусские военные приемы. При этом он обращался с пропускавшими занятия офицерами почти столь же сурово, как и с простыми солдатами. Этих же последних он часто лично наказывал собственной тростью на публичных смотрах из-за малейших упущений в строю. Вместо удобных мундиров, которые действительно им шли, он велел им пошить короткие и тесные, на тогдашний прусский манер. Офицерам новые мундиры обходились чрезвычайно дорого из-за золотого шитья, в изобилии украшавшего их, а рядовым слишком узкая и тесная форма мешала обращаться с ружьями. Но что более всего восстановило против императора этих привыкших к удобствам людей — это его требование отправиться с ним в поход за несколько сотен миль против Дании, который он окончательно решил».

Жестокое обращения императора с офицерами и солдатами подтверждает и граф Мерси: русский государь, доносил он в депеше от 25 апреля 1762 г., «продолжает обращаться жестоко с рядовыми, так и с офицерами».

Гвардейцев, кроме того, пугала дальнейшая судьба их полков: император как-то отозвался о них: «Гвардейцы только блокируют резиденцию, не способны ни к какому труду, ни к военным экзерцициям, а всегда опасны для правительства». Петр III не скрывал своего намерения распустить гвардейские полки. Первый шаг по их ликвидации он успел сделать — упразднил лейб-кампанию. Лейб-кампанцы роптали, заявляя, что «возведением на престол Елизаветы Петровны они очистили и Петру III путь к трону».

Недовольство Петром III выражал и генералитет. Среди него было немало генералов, прославившихся боевыми подвигами и достигших преклонного возраста. Их император принуждал месить грязь, заниматься бесполезной муштрой, доставлявшей ему истинное наслаждение. Нередко боевые генералы нанимали прусских офицеров, чтобы те обучили их маршировать высоко поднятыми ногами, часто не гнувшимися, и с вытянутыми носками.

Недовольные встречались и среди вельмож. Численность их была невелика, но они пользовались огромным влиянием. Среди них выделялся сорокадвухлетний граф Н. И. Панин, воспитатель сына императора Павла Петровича. Петр III пожаловал Панина чином генерала от инфантерии, но тот, будучи отягощен болезнями, отказался от чина из-за отсутствия возможности участвовать в экзерцициях. Императору было недоступно понимание причин отказа, и он отозвался о строптивом вельможе так: «Меня уверяли, что Панин умный человек. Могу ли я теперь этому верить».

Вторым вельможей, на которого Екатерина могла вполне положиться, был гетман Украины Кирилл Григорьевич Разумовский, младший брат елизаветинского фаворита, занимавший одновременно должность командира Измайловского полка, в котором служили братья Орловы.