Кареты и фургоны были готовы, и 23 февраля 1697 года Лефорт дал прощальный обед в своем доме в Немецкой слободе. Посреди праздника двое стрельцов попросили о срочной встрече с царем по важному делу и сообщили ему о новом заговоре. Во главе злоумышленников стоял стрелецкий полковник Иван Зиглер, давний сторонник Софьи, а также сын боярина Пушкина, офицер царской гвардии Алексей Соковнин. Взбешенный царь выбежал из зала и отправился к Зиглеру, приказал арестовать его и пытать. Зиглер во всем сознался. Допрошенные сообщники виновного подтвердили его слова. Они намеревались убить государя, чтобы наказать его за «поведение антихриста». После смерти Петра они хотели посадить на трон его малолетнего сына Алексея и вновь призвать Софью в регентши. Эти слова отрезвили Петра. Долго еще за его спиной будут стоять ненавидящие его стрельцы, упрекающие его за реформы и сожалеющие о временах царевны Софьи? Наспех созванный трибунал приговорил Зиглера и Соковнина к смертной казни. Их должны были четвертовать, а затем отрубить голову, другим просто отрубили голову. Но это традиционное наказание не могло удовлетворить царя. Чтобы двинуться вперед, русский народ нуждался в более впечатляющих картинах, думал Петр. Он приказал откопать останки Ивана Милославского, умершего двенадцать лет назад, воспоминание о котором было связано со страшным стрелецким бунтом 1682 года. 4 марта 1697 года почти полностью разложившееся тело Милославского было отволочено на свиньях на Лобное место, главную столичную площадь для казней, разрублено на куски и помещено в открытом гробу под эшафотом. На платформе палачи приступили к казни осужденных. Им поочередно медленно отрубали руки, ноги, голову. Кровь, протекая через щели в помосте, лилась на труп боярина. Таким образом, нынешние заговорщики и те, кто ими был в прежние времена, кровью объединялись в бесчестии. Вся Москва присутствовала при этом орошении костей новой кровью. Когда экзекуция закончилась, палачи разложили отрубленные части тел вокруг каменного столба и на железных листах написали имена прóклятых заговорщиков. Их головы были насажены на кол и водворены на вершину столба. Эту груду человеческого мяса запрещено было убирать. Останки заговорщиков гнили, испуская тошнотворный запах, который сражал прохожих. На всякий случай Петр сослал всех близких родственников осужденных в далекие области и использовал этот повод, чтобы отстранить от двора без уточнения причин отца и дядьев своей супруги.

Ему хватило десяти дней, чтобы произвести эту чистку. Ободрившись, Петр предпринял последние распоряжения перед отъездом. В его отсутствие управление государством доверялось Трехчленному совету. Князь Ромодановский с верными ему войсками гарантировал спокойствие в Москве, беспокойные стрельцы высланы на границы без своих семей.

Великое посольство покинуло Москву 10 марта 1697 года. От имени царя были составлены письма со следующими словами: «Всемогущие господа, наше великое и могущественное Величество, царь, желает, чтобы Вы получили это письмо с почтением. И мы Вас просим, когда наши великие полномочные послы приедут к вашим границам, не только встретить их с их свитой и оказать им соответствующие почести, но и предоставить им прием, когда они этого попросят… Написано при дворе нашего царя в великом городе Москве, восьмого дня весны, в году от сотворения мира 7205».

Таким образом, склонный к розыгрышам царь создал видимость своего отсутствия в составе делегации. Однако его секрет, столь ревностно охраняемый, быстро просочился в иностранные дворы. Шифрованные депеши послов опережали продвижение миссии. В Амстердаме, Вене и Лондоне были удивлены. Поскольку Петр хотел проехать незамеченным, представители принимающей стороны делали вид, что не обращают внимания на его титул.