В мае 1689 года Петр становился совершеннолетним и выходил из-под опеки сестры – Софья должна была удалиться. Чтобы стать из правительница самодержицей, ей надо было лишить Петра права на престол. Сделать это легально было невозможно – власть, подчинившая внешнюю политику интересам Польши, Австрии, даже Венеции, и для этого введшая тяжелые налоги, была непопулярна. Еще в 1687 году на вопрос о поддержке Софьи при венчании на царство стрельцы дали уклончивый ответ.

Софья уже давно именовала себя в грамотах рядом с именами царей – «Великие государи цари и великие князья Иоанн Алексеевич и Петр Алексеевич и великая княжна Софья Алексеевна, всея Великие и Малые и Белые России самодержцы». Это было уже даже не двое царствование, а троецарствование. Вместе с царями Софья участвовала в официальных церемониях и церковных торжествах. Был отпечатан портрет правительницы в царском облачении, в короне и со скипетром в руках, в окружении ее семи добродетелей – разума, благочестия, щедрости, великодушия, правды, целомудрия и божественной надежды. Такой же портрет с текстом на латинском языке предполагалось распространить и за границей. Известно и высказывание В. Голицына: «Жаль, что в стрелецкий бунт не уходили царицу Наталью с братьями, теперь бы ничего не было». Ф. Шакловитый добавлял: «Чем тебе, государыня, не быть, лучше царицу извести».

Стрельцов натравливали на Петра. Стрелецкий начальник Н. Чермный, получавший оклад в сто раз больше, чем рядовые стрельцы, говорил совершенно открыто: «Хотя и всех побить, а корня не выведешь, надобно уходить старую медведицу, царицу; чего и царю спускать, зачем стало?» Софья стала собирать у себя доверенных стрельцов: «зачиняет царица бунт с братьями и с князем Борисом Голицыным, да патриарх на меня посягает». Люди Шакловитого под видом Нарышкиных ночами избивали караульных стрельцов.

Наталья Кирилловна получала полную информацию о действиях Милославских и озлобление между обоими сторонами росло. 30 мая 1689 года Петру исполнялось семнадцать лет, и Наталья Кирилловна вызвала его из Переславля в Москву.

Первое публичное столкновение произошло 8 июля в день празднования Казанской иконы Божьей Матери. Софья, взяв икону «О тебе радуется», в нарушение правил собиралась идти с государями крестным ходом из Успенского в Казанский собор. Петр потребовал, чтобы Софья не нарушала обычай, она отказалась подчиниться. После громкого скандального спора в соборе Петр покинул процессию и уехал в Коломенское. Через две недели Петр отказался подписать Манифест о наградах В. Голицыну за проваленный второй Крымский поход. Петра уговорили подписать грамоту, но самого В. Голицына он не принял. 27 июля Софья говорила со стрельцами: «Годны ли мы вам? Буде годны, вы за нас стоите, а буде не годны, мы оставим государство? Житье наше становится коротко, царя Иоана Алексеевича ставят ни во что, а меня в Преображенском называют девкою, будто бы я и не дочь царя», Ф. Шакловитый набирал охотников на покушение за вознаграждение. Стрельцам обещали разрешить безнаказанно разграбить дома побитых сторонников царя Петра: «А как их побьют, и кто что в домах их возьмет, и то все перед ними, и сыску никакого не будет; ешьте и пейте в долг, даст Бог будет ярмарка – станем боярские дворы и торговых людей лавки грабить и сносить в дуван; а мутит всем царица Наталья Кирилловна, а меня-де хотят высадить из приказа вон, и вас, которые ко мне в дом вхожи, хотят всех по городам разослать».

Находившийся на русской службе шотландец П. Гордон писал в своем дневнике 28 июля: «все предвидели ясно открытый разрыв, который, вероятно, разрешится величайшим озлоблением». 4 августа в Измайлове праздновали именины вдовствующей царицы Евдокии Федоровны. Поздравлять царицу приехал Ф. Шакловитый и Петр потребовал у него выдать одного из подстрекателей назревшего бунта стрельца Стрижова.