Противостояние брата и сестры закончилось 6 сентября. Софья сдалась и выдала Ф. Шакловитого, обвиненного в подготовке покушения на Петра. Шакловитый и его ближайшие сподвижники были казнены. Историк С. Соловьев писал, что Петра, не соглашавшегося на казнь, еле уговорили.

В конце сентября Софья была заключена в Новодевичий монастырь. Петр голов не рубил. Он написал брату Ивану из Троицы:

«Милостью Божьей вручен нам, двум особам, скипетр правления прародительского нашего Российского царствия; а о третьей особе, чтобы быть с нами в равном правлении, отнюдь не вспоминалось. А как наша сестра царевна Софья Алексеевна государством нашим владеть учала своей волей, и в том явилось особам нашим противное, и народу тягость и наше терпение, о том тебе, государь, известна. А ныне злодеи наши Федька Шакловитый с товарищи, не удоволясь милостью нашей, преступая обещание свое, умышляли с иными ворами о убийстве над нашим и матери нашей здоровьем и в том по розыску и с пытки винились.

А теперь, государь братец, настает время нашим обоим особам Богом врученное нам царствие править самим, понеже пришли в меру возраста своего, а третьему зазорному лицу, сестре нашей, с нашими двумя мужескими особами в титлах и в расправе дел быть не дозволяем, потому что учала она в дела вступать и в титлах писаться собою без нашего изволения, к тому же и царским венцом для конечной нашей обиды хотела венчаться.

Срамно, государь, при нашем совершенном возрасте тому зазорному лицу государством владеть мимо нас».

В этом же письме Петр просил или уведомлял брата Ивана «позволить отечески своим изволением не отсылаясь к тебе, государю, учинить по приказам правдивых судей, а неприличных переменить, чтоб тем государство наше успокоить и обрадовать вскоре». Формально Иван являлся соправителем Петра до своей смерти в 1696 году, но царские обязанности выполнял только номинально – присутствовал на посольских приемах, участвовал в церковных церемониях. Его имя продолжало упоминаться во всех грамотах рядом с именем Петра.

12 сентября Петр назначил новое руководство страны. Троевластие сменилось единодержавием.

Высокоодаренный и энергичный государственный деятель, талантливый организатор и стратег, посвятивший свое царствование европеизации страны и укреплению ее независимости, упрочению и расширению Российского государства» Петр Первый навсегда запомнил жаркое лето 1689 года – едва ли кто из государей сносил столько бед и напастей, как я. От сестры Софью был гоним жестоко – она была хитра и зла».

Семнадцатилетний Петр мало пользовался своей царской властью и «перепоручил» все матери. Россией управляли Л. Нарышкин, Т. Стрешнев, Б. Голицын. Через пятьдесят лет историк Б. Куракин писал о правлении Натальи Кирилловны: «Сия принцесса доброго темперамента, добродетельного, только не была ни прилежная ни искусная в делах и ума легкого; правление оной царицы Натальи Кирилловны было весьма непорядочное и недовольное народу и обидное». К трем главным боярам вскоре присоединился князь-кесарь Ф. Ромодановский, ведавший Преображенским приказом, созданным еще в 1686 году как царская канцелярия, а теперь занимавшийся политическим сыском».

В 1693 и 1694 годах Петр побывал в Архангельске, увидел Белое море и первые морские голландские корабли, во время поездки на Соловецкие острова царь чуть не погиб во время бури. К лету 1694 года Петр вынужден был в6ернуться в Москву. Под Москвой стали проводиться большие военные маневры с участием иностранных офицеров – «кидали друг в друга» чиненные порохом гранаты, палили из пушек бомбами, бились палками». Осенью 1694 года в маневрах у Симонова монастыря, продолжавшихся несколько дней, погибли два десятка участников.

Историк Б. Куракин писал о постоянном нарушении Петром придворных церемоний:

«В начале выходы в соборную церковь оставлены были, и один царь Иоанн Алексеевич начал ходил.