В Первопрестольной оказалось два главнокомандующих — Волконский и Панин. Именно об этой ситуации императрица писала Потемкину, говоря, что Михаил Никитич попадет в смешное положение, а сама Екатерина не будет «сбережена» от опасных происков своих противников, наделенных теперь столь внушительной военной силой. Но официально Москва не была вверена власти Петра Ивановича. Он выдвинул на дорогах, идущих к старой столице, значительные силы, а когда волны крестьянской войны под ударами регулярной армии стали откатываться восточнее и угроза Первопрестольной миновала, у главнокомандующего не оказалось никакого предлога для задержки в Москве. Сначала он руководил операциями из ближнего к старой столице города Шацка, а затем вынужден был последовать за карательными отрядами в Симбирск.

Многое зависело от того, насколько деятельными и талантливыми окажутся помощники Петра Панина. Некоторые из них способны были затмить его своими военными заслугами. Потемкин рекомендовал императрице направить под начало нового командующего хорошо знакомого по Русско-турецкой войне А. В. Суворова. 16 августа Екатерина сообщила фавориту о назначении генерал-поручика Суворова в армию к Панину. Сам Суворов получил назначение 19 августа, а уже через пять дней добрался из Молдавии до Шацка, чем немало потряс своих начальников. Граф Панин 25 августа писал императрице: «Вчера поутру прискакал ко мне генерал-поручик и кавалер Суворов в одном только кафтане, на открытой почтовой телеге, и по представлению моему в тот же момент и таким же образом поскакал с моим предписанием для принятия главной команды над самыми передовыми корпусами».

В тот же день Пугачев потерпел сокрушительное поражение от отряда подполковника И. И. Михельсона в 105 верстах ниже Царицына. Из 14–15 тысяч повстанцев спаслось около тысячи человек. Настигнутые при переправе через Волгу у Черного Яра остатки пугачевцев были рассеяны, за Волгу ушли полторы сотни казаков во главе с Самозванцем. Прибыв в Царицын, Суворов забрал у Михельсона его авангард и бросил его в погоню за Пугачевым.

А. Н. Самойлов сообщает, что как раз в это время Потемкин «отправлял на почтовых противу злодея полки и команды. Дабы пресечь ему средства распространить пагубныя его обольщения в донских станицах, он нарядил и отправил против него с Дону войска 10 полков, чем и лишил его надежды на подкрепление с той стороны». Как и следовало ожидать, повстанцы не выдержали удара регулярных войск и побежали.

На охваченных мятежом землях Петр Панин, имея в руках огромную воинскую силу, почувствовал себя полным господином. Обе столицы были далеко, вокруг бушевало кровавое море крестьянской войны, и Панин не стал смущаться в выборе методов для подавления бунтовщиков. Ни при А. И. Бибикове, ни при Ф. Ф. Щербатове, прежних командующих, край не видел ничего подобного от представителя правительственной власти. Террор охватил очищенные от повстанцев земли, для устрашения волнующихся крестьян Панин приказал казнить мятежников прямо на месте поимки, без суда и следствия. Именно тогда вниз по рекам поплыли плоты с колесованными и подвешенными за ребра пугачевцами.

Однако и на Волге власть главнокомандующего оказалась не безграничной. Противодействовать ему отважился Павел Сергеевич Потемкин, руководивший Казанской следственной комиссией и переживший с населением в казанской крепости страшные дни, когда Пугачев сжег город, а захваченных горожан расстрелял на поле из пушек. Между Паниным и Потемкиным разгорелась настоящая борьба из-за подследственных. Петр Иванович, осуществлявший первичное следствие в военных канцеляриях, старался как можно больше людей удержать у себя и сам вести допросы.