Павел Сергеевич из Казани не раз жаловался Екатерине и своему брату на действия Панина. Особенно возмутил Потбмкина случай с мценским купцом Тимофеевым. Последний служил секретарем Пугачева, действовал под именем А. И. Дубровского и являлся составителем указов мнимого императора Петра III. Захватив его среди пленных, Панин не только не передал пойманного следственной комиссии, но и жестоким обращением во время допросов довел до смерти. Из рук правительства ушел один из главных свидетелей, который, по словам Павла Сергеевича, был «всех умнее». В могиле «тайны нужные вместе с ним погребены», заключал Потемкин. Почему Петр Иванович сначала долго держал «обер-секретаря» в Царицыне и Саратове, а когда встал вопрос о его передаче, просто убил на допросе? Что мог рассказать 24-летний грамотный соучастник Пугачева? Об этом остается только догадываться. Повстанцы не раз посылали тайных представителей к наследнику престола, пытаясь действовать и от его имени. Любые сведения подобного рода компрометировали цесаревича.

Пугачев был арестован 9 сентября своими сообщниками, которые передали «злодея» Суворову. 18 сентября Суворов выступил из Яицкого городка во главе отряда, конвоировавшего Пугачева, намереваясь самостоятельно доставить «трофей» в Москву. Однако Петр Панин не собирался уступать подчиненному славу «спасителя Отечества» и ордером за своей подписью заставил его свернуть в Симбирск. Там 2 октября Суворову пришлось сдать пленника Панину. Командующий от имени императрицы публично поблагодарил «обобранного» им военачальника за службу. Наблюдавший эту сцену генерал-майор Павел Потемкин в самых желчных тонах описал императрице теплый прием, оказанный Суворову Паниным. Худшей характеристики в глазах Екатерины и быть не могло.

Ее ироничный отзыв в записке Потемкину уничтожал всю заслугу Суворова в поимке «злодея»: «Галубчик, Павел прав: Суворов тут участия более не имел как Томас (комнатная собачка императрицы. — О. Е.), а приехал по окончании драк и по поимке злодея; я надеюсь, что все распри и неудовольствия Павла кончатся, как получить мое приказание ехать к Москве». Так Александр Васильевич, действительно много сделавший для «утушения бунта», пал жертвой «распрей» в руководстве правительственных войск.

К декабрю следствие над Пугачевым было в общих чертах завершено. На заседании 18 сентября Совет слушал и обсуждал проект манифеста об окончании следствия над Самозванцем. Документ читал Потемкин, он же, по просьбе Екатерины, писал окончание манифеста и правил его текст. Следовало приступать к суду, что также должно было вызвать немало разногласий.

В Первопрестольной разгорелась последняя схватка между сторонниками и противниками императрицы в деле, связанном с крестьянской войной. Сама Екатерина официально не принимала участия в следствии. Но ее переписка с П. С. Потемкиным, М. Н. Волконским и генерал-прокурором Сената А. А. Вяземским, председательствовавшим на суде, доказывает, что она ни на минуту не выпускала из рук нитей дела и проводила через своих приверженцев нужные ей решения.

За спиной множества крупных чиновников, съехавшихся на суд в Москву, Петр Панин оказался несколько оттеснен на второй план, хотя императрица всячески демонстрировала ему свое благоволение и советовалась по поводу подготавливаемых документов. Панинская группировка старалась повлиять на суд, добиваясь сурового наказания вожаков восстания, в частности смертной казни через четвертование, по крайней мере для 30–50 человек.