За оказанную услугу Софья выдала стрельцам из казны 24 тысячи рублей. 26 мая по требованию стрельцов оба царевича, как известно, были возведены на престол, а 29 мая 1682 года правление, по молодости царевичей, перешло в руки единокровной сестры Петра I царевны Софьи. Действия стрельцов были оправданы специальными оправдательными грамотами. Стрелецкое войско было переименовано в надворную пехоту, но усмирить их сразу правительнице не удалось. Только после того, как один из их лидеров князь Иван Хованский был обвинен в растрате казны, своеволии, потворстве стрельцам, расколе и смутных речах, приговорен к смертной казни и немедленно казнен, Софье удалось набросить узду на стрелецкую вольницу.

Страсти несколько улеглись, и неустойчивое равновесие между двумя центрами власти — реальной в лице Софьи и потенциальной в лице Петра — продержалось до 1685 года, когда борьба за престол переросла в заключительную фазу. Опасаясь за свою судьбу, царевна Софья вновь решила разыграть беспроигрышную для нее до сих пор стрелецкую карту. Сначала через своего верного начальника Стрелецкого приказа Шакловитого, а затем и самолично она вновь попыталась подбить надворную пехоту на бунт против Петра, который в это время находился в Преображенском.

Но стрельцы Стремянного полка Мельков и Ладогин решили предупредить царя, прискакали среди ночи в Преображенское и разбудили спящего Петра, который, изрядно перепугавшись со сна, немедленно поскакал в Троицкую лавру, где собрал свои потешные войска. Вскоре большая часть стрельцов, оценив реальную силу Петра, перешла на его сторону и покинула Кремль, где находилась Софья. Воспользовавшись этим, молодой царь сначала добился выдачи Шакловитого, который был предан суду и вскоре казнен вместе со своими сообщниками, а затем и Софья была заточена в Новодевичий монастырь.

Последней каплей, переполнившей терпение царя Петра I по отношению к стрельцам, стала попытка покушения на его жизнь, предпринятая 22 февраля 1697 года стрелецким полковником Иваном Цыклером и его сообщниками из числа стрельцов — Соковниным, Пушкиным, Елизарьевым и Силиным. В их планы входило поджечь дом приближенного к царю Лефорта, который устраивал в нем в этот день прощальный вечер в честь своего отъезда за границу, и в поднявшейся суматохе убить Петра. Как утверждает легенда того времени, в самый разгар пира в дом Лефорта явились два стрельца, которые предупредили царя о готовящемся покушении и назвали место, где собрались заговорщики. Царь проявил немалую смелость и самообладание: взяв с собой нескольких самых доверенных лиц из своего окружения и не сказав им и другим участникам попойки ни слова, он немедленно нагрянул с ними в дом Цыклера и арестовал заговорщиков.

Цыклер, Соковнин и Пушкин были вскоре приговорены к четвертованию, их обезображенные трупы из Преображенского были привезены в Москву на Красную площадь и брошены здесь у специально приготовленного столба. В течение нескольких месяцев зловоние разлагающейся плоти отравляло воздух на Красной площади.

Перед отъездом из Москвы за границу в начале 1698 года Петр I, опасаясь не без веских оснований новой стрелецкой смуты во время своего отсутствия в стране, отдал приказ о выводе большинства стрелецких полков из Москвы и распределении их на южных пограничных рубежах России. В гарнизоне Москвы, состоявшем почти исключительно из солдат и потешных войск, осталось всего шесть стрелецких полков. Лишившись своих удобных, насиженных годами столичных дворов, стрельцы легко поддались на новые призывы бывшей правительницы Софьи «идти на Москву». Царскому воеводе Шеину с солдатами удалось остановить их на ближних подступах к столице и разогнать пушечной пальбой. Начались повальные аресты и пытки участников бунта, в которых вскоре принял активное участие прервавший свою поездку по Европе Петр I.