В 1682 году он был представлен десятилетнему царю Петру, а так как дядькой Петра был двоюродный брат Голицына князь Борис Алексеевич Голицын, то на следующий год Лефорт стал уже подполковником. Он участвовал в первом Крымском походе Василия Васильевича Голицына, безотлучно находился при главнокомандующем и по возвращении в Москву был произведён в полковники.

Он-то и привёл своих солдат на помощь Петру. Войдя в монастырь, Лефорт тотчас же поставил пушки против всех ворот и организовал круговую оборону. Лефорт и его солдаты оставались в Троице-Сергиевой обители до тех пор, пока опасность для Петра, его близких и его сторонников совершенно миновала. Именно с этого времени Пётр облёк верного друга Франца неограниченным доверием и исключительной привязанностью. А за то, что Лефорт одним из первых офицеров-иностранцев примчался на помощь к Петру, он был произведён в генералы.

Вслед за Лефортом в монастырь пришло ещё несколько офицеров-иностранцев и оставшийся верным Петру стрелецкий Сухарев полк. Ещё через три дня прибыли и телеги с порохом, ядрами, картечью, пушками и мортирами. А к концу августа в Троицу пришли со всеми урядниками ещё пять стрелецких полковников.

Патриарх Иоаким, посланный в Троицу царевной Софьей для того, чтобы помирить её с братом, не только не стал миротворцем, но ясно дал понять Петру, что стоит на его стороне и дальше будет держаться точно так же. Оказавшись в Троице, Иоаким тут же внёс ненавистного ему Сильвестра Медведева в список врагов и злодеев, якобы замышлявших убить и его, и царя.

Медведев узнал об этом и, не дожидаясь, пока его схватят, уехал из Москвы в Новодевичий монастырь, но туда сразу же дошли слухи, что по Москве разыскивают и хватают его друзей и сторонников. Тогда он бежал под Дорогобуж, намереваясь укрыться в Бизюковом монастыре, но 15 сентября его отыскали, арестовали и, оковав кандалами, увезли в Москву. Патриарх тут же указал расстричь своего противника и передал светской власти, что означало одно — дыбу, огонь и кнут.

Сильвестр ни в чём не признался, ибо признаваться ему было не в чем. Но его всё же приговорили к смерти. И один из его сторонников с превеликой горечью сказал: «Немые учителя у дыбы стоят в Константиновской башне и вместо Евангелия огнём просвещают, а вместо Апостола — кнутом учат».

А ещё раньше кинули в пыточный застенок главного «заводчика великой замятии» — Фёдора Шакдовитого. Как только Пётр почувствовал, что сила за ним, 1 сентября он потребовал выдать Шакловитого «головой» и после того как Софья, промешкав неделю, всё же выдала своего любимца, хотя при этом и обливаясь слезами, Фёдора Леонтьевича привезли в Троицу и поставили на пытку. Мучили его жестоко, и он признался во всём, в чём его обвиняли, но на второй день от сказанного отказался и был приговорён к смерти.

Шакловитого не повезли в Москву, опасаясь, что там найдётся немало его сторонников, способных к мятежу и готовых освободить своего начальника силой. Однако и в стенах Троицкого монастыря — духовной святыни России — казнить его тоже было неудобно. Тогда 12 сентября 1689 года Шакловитого вывели из монастырских ворот и казнили рядом с монастырской стеной, отрубив ему голову на обочине Московской дороги. Вместе с Шакловитым казнили и его ближайших подручных — Обросима Петрова и Кузьму Чермного, а ещё троих наказали кнутом.

А тремя днями раньше в Троице-Сергиевом монастыре появился и предпоследний фаворит Софьи — Василий Голицын. На заседании Боярской думы его обвинили в нерадении во время последнего Крымского похода, в умалении чести царей Петра и Ивана, а также и в сговоре с Шакловитым и приговорили к лишению боярства и к ссылке на север. Голицын с женой и детьми оказался сначала в Мезени, а затем в ещё большей глуши — селе Кологоры на Пинеге, где он и умер спустя четверть века в 1714 году семидесяти лет от роду в один год с несчастной своей любовницей Софьей Алексеевной.