На допросах Алексей назвал имена более чем пятидесяти своих подлинных и мнимых сообщников, и розыск проходил повсюду, где находились названные царевичем люди. Особо строго искали в Москве, Петербурге и Суздале, где жила Евдокия Фёдоровна.

В Суздаль был направлен капитан-поручик Преображенского полка Григорий Скорняков-Писарев с командой солдат. 10 февраля 1718 года в полдень он прибыл в Покровский монастырь, оставив солдат неподалёку от обители. Скорняков сумел незамеченным пройти в келью к Евдокии и застал её врасплох, отчего она смертельно испугалась. Евдокия была не в монашеском одеянии, а в телогрее и повойнике, что потом ставилось ей в вину, ибо было сугубым нарушением монашеского устава.

Оттолкнув бледную и потерявшую дар речи Евдокию, Скорняков коршуном бросился к сундукам и, разворошив лежащие там вещи, нашёл два письма, свидетельствующие о переписке Евдокии с сыном. После этого в Благовещенской церкви найдена была записка, по которой Лопухину поминали «Благочестивейшей великой государыней нашей, царицей и великой княгиней Евдокией Фёдоровной» и желали ей и царевичу Алексею «благоденственное пребывание и мирное житие, здравие же и спасение и во всё благое поспешение ныне и впредь будущие многие и несчётные лета, во благополучном пребывании многая лета здравствовать».

14 февраля, арестовав Евдокию и многих её товарок, а также нескольких замешанных в её деле священников и монахов, Скорняков повёз их всех в Преображенский приказ в Москву. 16 февраля начали строгий розыск, прежде всего обвиняя Евдокию в том, что она сняла монашеское платье и жила в монастыре не по уставу — мирянкой. Отпираться было нельзя, ведь Скорняков и сам застал Евдокию в мирском платье. А дальше дела пошли ещё хуже: привезённая вместе с другими монахинями старица-казначея Маремьяна рассказала о том, что к Евдокии много раз приезжал Степан Глебов и бывал у неё в келье и не только днём, но и оставался на всю ночь до утра.

Показания Маремьяны подтвердила и ближайшая подруга Евдокии монахиня Каптелина, добавив, что «к ней, царице-старице Елене, езживал по вечерам Степан Глебов и с нею целовалися и обнималися. Я тогда выхаживала вон; письма любовные от Глебова она принимала и к нему два или три письма писать мне велела».

После этого Глебова арестовали, и проводивший арест и обыск гвардии капитан Лев Измайлов нашёл у него конверт, на котором было написано: «Письма царицы Евдокии», а внутри оказалось девять этих писем.

Во многих из них Евдокия просила Глебова уйти с военной службы и добиться места воеводы в Суздале; во многих, проявляя ум и практическую смётку, советовала, как добиться успеха в том или ином деле, но общий тон писем таков, что позволяет судить об огромной любви и полном единомыслии Евдокии и Степана.

«...Где твой разум, тут и мой; где твоё слово, тут и моё; где твоё слово, тут и моя голова: вся всегда в воле твоей!» Приведём здесь письма в том порядке, в каком расположены они в книге академика Николая Герасимовича Устрялова «История царствования Петра Великого».

«Чему-то петь быть, горесть моя, ныне? Кабы я была в радости, так бы меня и дале сыскали; а то ныне горесть моя! Забыл скоро меня! Не умилостивили тебя здесь ничем. Мало, знать, лице твоё, и руки твоя, и все члены твои, и суставы рук и ног твоих, мало слезами моими мы не умели угодное сотворить...»

«Не забудь мою любовь к тебе, а я уже только с печали дух во мне есть. Рада бы была я смерти, да негде её взять. Пожалуйте, помолитеся, чтобы Бог мой век утратил. Ей! Рада тому!»

«Свет мой, батюшка мой, душа моя, радость моя! Знать уж злопроклятый час приходит, что мне с тобою расставаться! Лучше бы мне душа моя с телом рассталась! Ох, свет мой! Как мне на свете быть без тебя, как живой быть? Уже моё проклятое сердце да много послышало нечто тошно, давно мне всё плакало. Аж мне с тобою, знать, будет расставаться.