18 апреля 1768 года был образован Совет при Высочайшем дворе, который сначала имел вид чрезвычайного собрания, и таких собраний за девять месяцев до 22 января 1769 года было проведено десять. Затем Совет стал собираться два раза каждую неделю — в 10 часов утра, в понедельник и четверг. Первоначально в Совет вошли: Кирилл Григорьевич Разумовский, Александр Михайлович Голицын, Никита Иванович Панин, Михаил Николаевич Волконский, Захар Григорьевич Чернышов, Пётр Иванович Панин, Григорий Григорьевич Орлов, Александр Алексеевич Вяземский, затем состав его менялся, но принцип оставался прежним — в нём присутствовало восемь важнейших сановников империи и руководила Советом сама Екатерина. В Совете свободно обсуждались разнообразные варианты, подходы и даже концепции различных проблем, и одной из них была сложная проблема возбуждения среди православных славян, греков и румын идеи освобождения от многовекового османского ига. Именно Орлов более всех развивал эту тему и был решительным сторонником избавления единоверцев от турецкого гнёта.

Он считал, что главной силой, способной помочь славянам и грекам, должен быть российский флот, и именно по его инициативе в июле 1769 года из Кронштадта в Средиземное море ушла эскадра адмирала Григория Андреевича Спиридова, а следом за нею двинулась вторая эскадра под командованием контр-адмирала Джона Элфинстона. Общее командование флотом осуществлял Алексей Григорьевич Орлов, наименованный «Генералиссимусом и генерал-адмиралом всего Российского флота в Средиземном море». Под его началом находилось 97 кораблей, из них 20 линейных, 24 фрегата и более 50 судов с десантом, а также транспортные и вспомогательные корабли. Флот должен был отвлечь турецкие войска с Дунайского театра, помочь единоверцам-славянам и грекам в их борьбе с османским владычеством и нарушить морские коммуникации противника в Средиземном море.

10 апреля 1770 года русский десант под командованием бригадира Ивана Абрамовича Ганнибала — сына знаменитого «арапа Петра Великого» Абрама Ганнибала — взял крепость Наварин, а 24-26 июня произошло знаменитое морское сражение в Чесменской бухте. Оно окончилось полным уничтожением турецкого флота: из 73 кораблей уцелело лишь шесть. Погибло и десять тысяч матросов и офицеров. Русские же потеряли одиннадцать человек. В результате одержанной победы русский флот стал полным хозяином на театре военных действий.

В честь победы Алексей Орлов получил титул Орлова-Чесменского, в Царском Селе была воздвигнута «Чесменская колонна», в Петербурге построен Чесменский дворец и выбита медаль с портретом победителя.

Весть о победе над турецким флотом только успела дойти до Петербурга, как в двух сухопутных сражениях — при реке Ларге 7 июля и при Кагуле 21 июля — Румянцев наголову разбил турецкую армию, а летом 1771 года войска Василия Михайловича Долгорукова ворвались в Крым, за что Долгоруков получил титул Крымского.

Победы русской армии и флота в войне с Турцией укрепили и позиции России в Польше, где всё ещё продолжалась война с конфедератами. И вдруг военные действия и против турок и против поляков осложнились совершенно неожиданной и страшной бедой — с Дунайского театра в Закарпатье, в Подолию и, наконец, в Киев пришла моровая язва — чума.

В октябре 1770 года начальником карантинной линии от Львова до Пинска был назначен генерал-майор Александр Васильевич Суворов, но и это не помогло — в декабре чума появилась и в Москве.

В России, поражавшейся эпидемиями чумы с XIV века, никогда не предпринимались столь строгие меры, как в этот раз. В Совете при Высочайшем дворе постоянно обсуждались карантинные, гигиенические и другие антиэпидемические меры, но должного эффекта это не давало, главным образом из-за того, что в борьбе с чумой не было последовательности: стоило эпидемии хоть немного пойти на спад, как действия против неё почти прекращались.