Без каких-либо средств Бонплан сумел своим трудом и терпеливой находчивостью поддерживать свое скудное существование и в конце концов даже сумел улучшить его, занимаясь врачеванием, приготовлением лекарств и давая людям, живущим по соседству под строгим надзором диктатора, агрономические советы.

Его доброта, милосердие, мягкость были неисчерпаемы, и имя ботаника осталось у бедняков Парагвая священным и почитаемым, как настоящего апостола. Незаконное лишение свободы Бонплана вызвало возмущенный протест в ученом мире, но напрасно император дон Педру вступился за него, напрасно Шатобриан, тогда министр иностранных дел, просил предоставить узнику свободу, а один добросердечный француз месье Грандуар передал самому страшному Франсиа коллективную просьбу членов Французского Института об освобождении Бонплана. Все эти инстанции добились только одного: его тюрьма стала еще более тесной, а заключение более тяжким.

Ах! Если бы Бонплан был английским гражданином! И вот животное, называющее себя Верховным, терроризирующее маленькую республику, уже видит британский флаг, развевающийся на гафеле крейсера, слышит рев ядер и вынуждено открыть двери тюрьмы!

Двенадцатого марта 1829 года его превосходительство Верховный, посоветовавшись с Боливаром, соизволил сообщить Бонплану, что тот свободен. Бедный ученый готовится к отъезду и прибывает на границу. Но это еще не конец, поскольку Франсиа не хотел выпустить свою добычу. Невольника еще допрашивают, на него давят, пытаются запугать, заставить признаться, что он шпион Франции или Аргентинской республики. И вот в нищете прошло еще двадцать тревожных месяцев, прежде чем Бонплан смог покинуть проклятую территорию.

Его карьера была сломана, состояние потеряно, пенсия вычеркнута из книги государственных долгов. Он не получил никакого возмещения. У правительства времен Реставрации, казалось, были более важные дела, чем забота о старом слуге наполеоновской империи, и оно как бы даже не обратило внимания на то, что самодурство парагвайского тирана наносило оскорбление самой Франции.

Бедный, старый, уставший, одинокий ученый не захотел вернуться в Европу. Он нашел себе убежище на левом берегу реки Уругвай, в бразильском городке Сан-Боржа, где обосновался, занимаясь наукой и оказывая беднякам медицинскую помощь. Вдали от мирской суеты, окруженный любовью, он позволил себе спокойно стареть среди цветов и птиц…

Французский путешественник Демерсей, проезжая по стране, посетил его в 1851 году и в следующих выражениях описал свою встречу с ним:

«Пробыв несколько часов под непрерывным дождем, я больше походил на бандита, чем на географа, выполняющего важное поручение; мои огромные высокие сапоги, пропитанные водой, спускались винтом на пятки, где болтались большие железные шпоры. Пончо, похожее на то, что носят негры, выпачканное красноватой глинистой грязью, едва прикрывало плечи; обязательная сабля била по ногам. Французский слуга, сопровождавший меня, походил на калабрийского разбойника и вполне мог напугать своим видом нашего хозяина. Но было достаточно нескольких слов, чтобы в глазах Бонплана, пристальных и удивленных, появилось другое выражение. Вечером я остановился в его доме, и через несколько часов мы стали друзьями, как будто были знакомы лет двадцать…»

Добрый обаятельный старик, тогда восьмидесятилетний, но полный жизни, бодрости и веселья, по-отечески принимал французов, приехавших повидаться с ним.