Однако и того срока, который был установлен, Петр I дожидаться не стал — слишком большие надежды он возлагал на должность генерал-прокурора. 18 января 1722 года первым генерал-прокурором Сената государь назначил Павла Ивановича Ягужинского. Представляя его сенаторам, Петр I сказал: «Вот око мое, коим я буду все видеть». Эта же мысль нашла отражение и в указе от 27 апреля 1722 года «О должности генерал-прокурора»: «Понеже сей чин — яко око наше и стряпчий о делах государственных».

По отзывам современников, Ягужинский был видный мужчина, с лицом неправильным, но выразительным и живым, со свободным обхождением, капризный и самолюбивый, но очень умный и деятельный. За один день Ягужинский делал столько, сколько другой не успевал за неделю. Мысли свои выражал без лести перед самыми высокими сановниками и вельможами, порицал их смело и свободно. Талантливый и ловкий, он не робел ни перед кем. Не случайно светлейший князь Меншиков «от души ненавидел его».

Ближайшим помощником Ягужинского, обер-прокурором Сената, стал Григорий Григорьевич Скорняков-Писарев, выдвинувшийся из среды гвардейских офицеров.

Генерал-прокурору были подчинены все прокуроры в коллегиях и надворных судах. В соответствии с «Должностью», он обязан был «смотреть над всеми прокурорами, дабы в своем звании истинно и ревностно поступали». Все прокурорские донесения, касающиеся важных дел, он «предлагал» Сенату и требовал по ним исполнения.

П. И. Ягужинский довольно быстро занял ключевые позиции в государственных делах — по существу, он играл роль второго лица в империи после Петра I. Императора вполне устраивала активная деятельность Ягужинского, и он во всем поддерживал его. Петр I не раз говорил своим приближенным: «Что осмотрит Павел, так верно, как будто я сам видел».

Положение первого генерал-прокурора Сената было довольно сложным. Император, человек исключительно деятельный и энергичный, нередко сам выполнял прокурорские обязанности: он постоянно ездил в Сенат и строго следил за тем, как принимаются решения.

Первое время Ягужинский тратил немало сил, чтобы навести в Сенате хоть элементарный порядок. Основное внимание он сосредоточил на контроле за повседневной работой, за правильностью и законностью разрешения дел, их своевременным прохождением, порядком заседаний и прочими дисциплинарными моментами. Стремясь к возвышению над Сенатом, он все свои предложения к сенаторам обычно прикрывал авторитетом Петра, с которым оставался очень близок. Коллегиальные решения еще были чужды сознанию самолюбивых сановников, сенаторы не привыкли считаться с чужим мнением и уважать его, поэтому в заседаниях зачастую возникали споры, крики и брань, а иногда даже потасовки. В связи с этим 16 октября 1722 года Ягужинский даже написал особое «предложение» Сенату, в котором просил сенаторов воздерживаться от ссор и споров, «ибо прежде всего это неприлично для такого учреждения».

Постепенно генерал-прокурор занимает ключевое положение в государственном управлении. Русский историк В. О. Ключевский писал по этому поводу: «Генерал-прокурор, а не Сенат, становился маховым колесом всего управления; не входя в его состав, не имея сенаторского голоса, был, однако, настоящим его президентом, смотрел за порядком его заседаний, возбуждал в нем законодательные вопросы, судил, когда Сенат поступает право или неправо, посредством своих песочных часов руководил его рассуждениями и превращал его в политическое сооружение на песке».

В. О. Ключевский не случайно упомянул о песочных часах. Дело в том, что в то время в Сенате существовал такой распорядок — сенаторы, выслушав доклад по какому-либо вопросу, имели право переговорить меж собой о том или ином деле, и для этого им давался срок от получаса до трех часов. Для определения точного времени генерал-прокурор имел под рукой песочные часы.