Жителям столицы с барабанным боем было объявлено, что Ягужинский арестован за письмо к императрице, содержание которого «противно благу отечества и Ее величества». Со дня на день ожидали, что Ягужинский будет казнен. Однако заговор «верховников» провалился, последовали казни и ссылки, а Ягужинский вновь возвысился.

Именным указом от 2 октября 1730 года Анна Иоанновна восстановила органы прокуратуры в полной силе. «Ныне небезызвестно нам есть, — говорилось в указе, — что в коллегиях и канцеляриях в государственных делах слабое чинится управление и челобитчики по делам своим справедливого и скорого решения получить не могут, и бедные от сильных утесняемы, обиды и притеснения претерпевают». При Петре I же, отмечалось далее, «для отвращения всего этого был учрежден чин генерал-прокурора и ему помощника обер-прокурора при Сенате, а в коллегиях — прокуроров». В указе определялось: «Быть при Сенате генерал- и обер-прокурорам, а при коллегиях и других судебных местах — прокурорам и действовать по данной им Должности».

Не забыла императрица и Ягужинского. В указе отмечалось: «И для того ныне в Сенат, покамест особливый от нас генерал- прокурор определен будет, иметь в должности его надзирание из членов сенатских генералу Ягужинскому, а в его дирекции в должность обер-прокурора быть статскому советнику Маслову, а прокуроры и в коллегии и канцелярии, в которые надлежит, определяются немедленно».

Ягужинский был «пожалован» императрицей сенаторским званием. Несмотря на то что положение его в Сенате стало двойственным, так как раньше, осуществляя надзор, он сам не был сенатором, генерал-прокурор сумел поддержать свой авторитет. Он был, по существу, самым квалифицированным юристом империи. Но это была уже лебединая песня Ягужинского. Вокруг императрицы стали возвышаться другие люди, набирал силу ее любимец Бирон. После нескольких ожесточенных схваток с ним, менее чем через год после своего вторичного назначения на должность генерал-прокурора, Ягужинский «с радостью воспринял весть о назначении его послом в Берлин вместо ссылки в Сибирь».

В Пруссии Павел Иванович находился до 1735 года, после чего возвратился в Россию. Он стал графом и кабинет-министром императрицы, а также продолжал носить звание генерал-прокурора, хотя от прокурорских дел фактически отошел.

Павел Иванович Ягужинский имел чин действительного тайного советника, был награжден орденами Святого Андрея Первозванного, Святого Александра Невского и другими.

Личная жизнь Ягужинского вначале сложилась неудачно. В 1710 году состоялась его женитьба на Анне Федоровне Хитрово. Хотя он получил за женой огромное состояние, сразу сделавшее его одним из богатейших людей России, брак этот не был счастливым. Его жена оказалась женщиной неуравновешенной, склонной к распутству и бездумным оргиям. От этого брака у него был сын, умерший в 1734 году, и три дочери. Ягужинский все-таки добился через Святейший синод развода, после этого Анна Федоровна была сослана в Переславль-Залесский монастырь, где и умерла в 1733 году.

Вторично Ягужинский женился на Анне Гавриловне Головкиной, дочери канцлера. От брака имел сына, который дослужился до генерал-поручика и умер в 1806 году, и трех дочерей. Вторая жена Павла Ивановича, как писали современники, была «высока ростом, имела прекрасный стан и отличалась приятностью в обхождении». Судьба ее оказалась трагической. После смерти Ягужинского она вышла замуж за обер-гофмаршала графа М. П. Бестужева-Рюмина, но в 1743 году была обвинена в участии в заговоре против императрицы Елизаветы Петровны, судима, наказана кнутом и «по урезании языка» сослана в Сибирь, где и скончалась в 1749 году.

Граф П. И. Ягужинский умер 6 апреля 1736 года, погребен в Александро-Невском монастыре.