Так в деле Радищева была поставлена последняя официальная точка. Решение Совета поступило к Екатерине II, и 4 сентября она подписала указ Сенату об окончательном решении по делу. В нем указывалось: „…последуя правилам Нашим, чтоб соединять правосудие с милосердием для всеобщей радости, которую верные подданные Наши разделяют с Нами в настоящее время, когда Всевышний увенчал Наши неусыпные труды во благо империи, от Него нам вверенной вожделенным миром с Швецией, освобождаем его от лишения живота и повелеваем вместо того, отобрав у него чины, знаки ордена Святого Владимира и дворянское достоинство, сослать его в Сибирь в Илимский острог на десятилетнее безысходное пребывание. Имение же его, буде у него есть, оставить в пользу детей его, которых отдать на попечение деда их“.

Родственникам Радищева о решении императрицы стало известно из уст подполковника Горемыкина — того самого, который арестовал писателя. Елизавета Васильевна, столь много сделавшая для него и его детей, узнав о приговоре, разрыдалась. Спустя некоторое время эта мужественная женщина последует за Радищевым в Сибирь вместе с его детьми, Катей и Павлом. Там она станет его женой, разделит с ним все тяготы изгнания и умрет в дороге, при возвращении Радищева из ссылки.

8 сентября 1790 года Радищева доставили в губернское правление и официально объявили о ссылке в Илимский острог, находившийся недалеко от Иркутска. Писателя заковали в цепи и под „крепчайшей стражею“ отправили в Сибирь. Александру Николаевичу не дали даже проститься с родными. Друг и благодетель граф А. Р. Воронцов, желая хоть как-то облегчить участь Радищева, выделил триста рублей для покупки ему всего необходимого, но даже он не знал точной даты отправления. Когда ему стало известно, что писателя, закованного в ручные и ножные кандалы, отправили в Сибирь без теплой одежды, лишь накинув на него „гнусную нагольную шубу“, взятую у какого-то солдата, возмущению его не было предела. Благодаря активному вмешательству Воронцова вдогонку арестанту был отправлен курьер с повелением императрицы снять у Радищева оковы с ног. Поскольку путь арестанта лежал через Тверь, Воронцов написал письмо губернатору Осипову, прося его оказать писателю всяческую помощь, и выслал деньги на покупку теплых вещей. Осипов выполнил просьбу Воронцова, но 2 октября 1790 года сообщил графу, что, по имеющимся у него сведениям, Радищев довезен до Москвы в „весьма слабом здоровье“.

По дороге в Илимский острог и обратно Радищев вел дневник, записывая путевые впечатления и размышления. Им написано проникновенное стихотворение:

Александр Николаевич Радищев пробыл в Илимском остроге шесть лет, но и там не оставлял своих литературных занятий. Он написал несколько стихотворений, статей, трактатов — в частности, „О человеке, о его смертности и бессмертии“ (издан в 1809 году), „Письмо о китайском торге“, „Повествование о приобретении Сибири“, начата историческая повесть „Ермак“.

После смерти Екатерины II вступивший на российский престол Павел I разрешил Радищеву вернуться из ссылки. Писатель поселился в имении своего отца, селе Немцове под Москвой. Въезд в столицы ему был запрещен, и он находился под бдительным полицейским надзором, разве что ему разрешили навестить родителей в Саратовской губернии.

Только император Александр I разрешил Радищеву вернуться в Петербург. Ему были возвращены чины, дворянские права, орден Святого Владимира. Казалось, жизнь налаживается. 6 августа 1801 года Александр Николаевич, благодаря протекции графа А. Р. Воронцова, поступает на службу в Комиссию составления законов, где ему положили оклад 1500 рублей в год. Как всегда, он очень ответственно отнесся к порученному делу: тщательно изучал многочисленную юридическую литературу, труды по истории и теории законотворчества, тексты различных законодательных актов.