Тем временем большевики начинают гонения на церковь. После закрытия Поместного собора здание, где проживали его участники, было реквизировано. Их лишили банковских счетов. Один из монастырей отбирался под концентрационный лагерь, как было указано в документе, выданном настоятелю.

Далее власть приступила к ликвидации всех церковных учебных заведений. Русская православная церковь лишалась своего капитала. 31 октября 1917 года за проведение крестного хода с молением «об утишении междоусобной брани» был расстрелян протоиерей Екатерининского собора в Царском Селе Иоанн Кочуров. С декабря 1917 года совершаются массовые захваты церковных зданий, храмов, монастырей.

16 и 18 декабря 1917 года Совнарком издал первые законы в области семейной политики: Декрет о расторжении брака и Декрет о гражданском браке, о детях и о ведении книг актов состояния. Оба документа нанесли ощутимый удар по церкви и были однозначно осуждены Поместным собором как несовместимые с христианскими представлениями о святости брака и его нерушимости. Новое законодательство церковь не могла воспринимать иначе, чем как посягательство на канонические церковные законы. Действия большевиков были явно направлены на разрушение стабильной патриархальной семьи и незыблемых устоев общества, формировавшихся веками.

7 января 1918 года за резкий отзыв о деятельности Совнаркома на некоторое время был арестован протоиерей Иоанно-Предтеченской церкви в Петрограде Владимир Гуляев. В январе происходит конфискация синодальной типографии, 13 января выходит постановление о конфискации Александро-Невской лавры. А 19 января отряд красногвардейцев совершил нападение на лавру. В ходе захвата престарелый протоиерей Петр Скипетров, призвавший красноармейцев не осквернять святыни, был убит, а митрополит Петроградский Вениамин и наместник епископ Про-копий – арестованы.

В тот же день, 19 января 1918 года, патриарх Тихон выступает со своим знаменитым посланием с анафемой в адрес вероотступников и призывом к народному сопротивлению усиливающимся нападениям на храмы и убийствам духовенства:

«Опомнитесь, безумцы, прекратите ваши кровавые расправы. Ведь то, что творите вы, не только жестокое дело, это – поистине дело сатанинское, за которое подлежите вы огню гееннскому в жизни будущей – загробной и страшному проклятию потомства в жизни настоящей – земной.

Властию, данною Нам от Бога, запрещаем вам приступать к Тайнам Христовым, анафематствуем вас, если только вы носите еще имена христианские и хотя по рождению своему принадлежите к Церкви Православной. Заклинаем и всех вас, верных чад Православной Церкви Христовой, не вступать с таковыми извергами рода человеческого в какие-либо общения…»

Поместный собор одобрил данный документ на первом заседании второй сессии, открывшейся на следующий день, 20 января 1918 года. Известие о патриаршей анафеме врагов церкви и государства было разослано верующим через посланников Собора. Они зачитывали его в храмах, призывая к сплочению ради защиты Церкви.

В этом документе не было прямого указания на то, что анафеме предаются большевики. Тем не менее их ответом стал принятый днем позже Декрет Совнаркома об отделении церкви от государства и школы от церкви, вступивший в силу 23 января 1918 года. Новый закон не только обозначал формальный юридический разрыв многовекового союза между церковью и государством, предрешенный уже Февральской революцией. Он легализовал гонения на церковь. Церковь лишалась прав юридического лица и всего имущества, созданного за предыдущее тысячелетие.