Условия содержания узников на Соловках, да и в других монастырях-тюрьмах, определяли следующие обстоятельства: предписания сопроводительного указа, поведение заключенного и, наконец, воля архимандрита. От него зависело ослабление или усиление многих режимных строгостей. Одних заключенных сажали на цепь, годами держали в ямах и каменных мешках, скованными ручными и ножными железами, били кнутом, плетьми, шелепами. Им давали только хлеб и воду, заставляли работать на цепи в кухне по 18 часов в сутки: просеивать муку, месить тесто, печь хлеба, выносить нечистоты, стирать белье.

Другие заключенные, по мнению монастырского начальства, были достойны более комфортабельной жизни. Их могли расковать и, при желании узника, постричь в монахи. Это означало, что человек расставался со всякими надеждами вернуться на материк, но зато он уже не считался колодником. Особенно охотно такую льготу делали для раскаявшихся раскольников, которых годами увещевали отказаться от своих «заблуждений». Вся обстановка сурового, подчас немилосердного содержания в монастыре сильно подвигала некоторых старообрядцев к таким обращениям. Они давали согласие постричься, чтобы избежать земляной тюрьмы или каменного мешка.

Но и всевластный на Соловках архимандрит или игумен не всегда мог облегчить колодникам жизнь. С одной стороны, он, как и все российские подданные, боялся доносов. Без них жизнь даже здесь, на краю земли, была немыслима. Монахи следили за сторожами, чтобы тех «не совратили» колодники (среди них порой встречались опытные старообрядческие проповедники), доносили и друг на друга. Да и сам архимандрит побаивался доносов, особенно если он потакал какому-нибудь колоднику. Авторами изветов бывали и сами колодники, которые мечтали таким образом вырваться с островов хотя бы на несколько месяцев – ведь быстрее дело в сыске не вершилось. Во время долгого пути в Москву у них появлялся шанс бежать на волю. Несколько месяцев в 1728 году расследовали дело по извету узника Соловков попа Федора Ефимова, который донес на казначея Феоктиста. По этому делу арестовали и доставили в Москву несколько человек. Кончилось все расследование поркой и возвращением «бездельного» доносчика, а также ответчика и свидетелей в монастырь.

С другой стороны, для особо опасных преступников указы из Петербурга делали невозможным даже малейшее послабление. В 1739 году на Соловки прислали князя Дмитрия Мещерского, которого предписывалось держать «в земляной тюрьме до смерти неисходно». Лишь через два года пришел второй указ, разрешивший вытащить его из ямы и поселить «на житье» в монастыре. Из приговоров XVIII века с ясностью вытекает, что содержание преступников в монастырях никакого отношения к иноческому подвигу не имело. Монастыри рассматривались как разновидность государственных тюрем, куда отправляли приговоренных к пожизненному заключению или искалеченных на пытке и негодных в каторжные работы преступников. Архимандриты монастырей фактически оказывались начальниками тюрем.

В некоторых случаях архимандрит монастыря даже не знал преступления доставленного колодника – в сопроводительном указе писали глухо: «За некоторую важную его вину» или просто «За вину его». Такие узники назывались «секретными». На секретных узников, окруженных тайной и плотным «собственным» конвоем, власть монастырского начальства не распространялась. С ними запрещали разговаривать, их сажали так, «чтобы ни они кого, ни их кто видеть не могли», а кормили отдельно – на особые деньги, определенные приговором.