О поведении новопостриженной игуменья монастыря регулярно сообщала в Тайную канцелярию. Так, о княжне П. Г. Юсуповой, заточенной в тобольский Введенский монастырь, мы читаем: «Монахиня Прокла ныне в житии своем стала являться бесчинна, а именно: первое, в церковь Божию ни на какое слово Божие ходить не стала; второе – монашеское одеяние с себя сбросила и не носит; третье – монашеским именем, то есть Проклою, не называется и велит именовать Парасковиею Григорьевной», кроме того, отказывается есть монашескую пищу, «а временем и бросает на пол». В ответ из Петербурга пришел указ: заковать княжну в ножные железа, наказать шелепами «и объявить, что если не уймется, то будет жесточайше наказана». По-видимому, только так можно было смирить упрямых узниц-монахинь.

Крепостные тюрьмы были очень удобны для содержания политических преступников. Камеры устраивали в башнях, казематах или в казармах гарнизона, иногда строили специальное здание для заключенных. Если Петропавловскую крепость можно назвать следственной тюрьмой, то тюрьмой для постоянного содержания узников служила Шлиссельбургская крепость.

Одним из первых узников крепости на Ореховом острове стал знатный пленный – канцлер шведского короля Карла XII граф Пипер, доставленный в Шлиссельбург в июне 1715 года. Его, согласно указу Петра I, разместили «в квартире в удобном месте» и разрешали ему гулять по крепости в сопровождении охранника. Там он и умер, как считали жившие в Петербурге иностранцы, от сурового обращения стражи. В 1718 году в Шлиссельбурге поселили царевну Марию Алексеевну, которой отвели «хоромы близ церкви», оставили при ней слуг и небольшую свиту. В 1725-1727 годах в крепости жила старица Елена – бывшая царица Евдокия. Берхгольц в 1725 году видел Елену, которая прогуливалась, «окруженная сильною стражею», по двору дома, в котором она жила. О содержавшихся в конце 1730-х годов в Шлиссельбурге князьях Дмитрии Еолицыне и Михаиле Долгоруком известно только, что их водили под караулом в крепостную церковь на службу.

Самым знаменитым узником Шлиссельбурге кой крепости стал бывший император Иван Антонович, живший там в 1756-1764 годах. Содержали этого «безымянного колодника» с большой строгостью. Особенно она усилилась после того, как в 1762 году началось дело Хрущова и братьев Гурьевых, которых обвиняли в намерении возвести Ивана на престол.

Бывший император жил в отдельной казарме. Ее охраняла особая воинская команда во главе с офицерами, которые состояли в непосредственном подчинении начальника Тайной канцелярии. Узник находился безвыходно в камере. Окна ее не были забраны решетками, но их тщательно закрывали и замазывали белой краской, свечи в казарме горели круглосуточно. Ивана Антоновича держали без оков, спал он на кровати с бельем, в камере стояли стол и стулья. Узник имел цивильную, неарестантскую одежду и, возможно, книги духовного содержания. Ни на минуту его не оставляли одного – караул из нескольких солдат постоянно сидел с ним в камере. Дежурный офицер жил в соседней комнате и обедал за одним столом с узником. Кроме внутреннего караула снаружи был особый внешний караул. На время уборки, которую делали приходившие из крепости служители, секретного арестанта отводили за ширму.

В 1763 году, после приезда в Шлиссельбург Екатерины II, караульные офицеры Данила Власьев и Лука Чекин получили новую инструкцию. Согласно ей, они имели право убить узника, если кто-то попытается освободить его. Такая попытка и произошла в 1764 году. Когда в ночь с 4 на 5 августа подпоручик Василий Мирович с солдатами попытались захватить казарму, в которой сидел Иван Антонович, Власьев и Чекин умертвили узника. В рапорте начальству они писали: «И потом те же неприятели и вторично на нас наступать начали и уграживать, чтоб мы им сдались. И мы со всею нашею возможностию стояли и оборонялись, и оные неприятели, видя нашу неослабность, взяв пушку и зарядя, к нам подступили.