В Стрелецком розыске Ромодановский превзошел себя. Особая жестокость его имела объяснение: в какой-то момент стрелецкого мятежа летом 1698 года он дрогнул. Его не было видно на поле боя после разгрома мятежников под Воскресенским монастырем. Первый розыск по делу стрельцов, причем неумелый, провел боярин А. С. Шеин, что вызвало недоумение Петра. Он писал Ромодановскому, что, узнав о подавлении бунта, «зело радуемся, только зело мне печально и досадно на тебя, для чего сего дела в розыске не вступил. Бог тебя судит! Не так было говорено на загородном дворе в сенях». Из этого вытекает, что перед отъездом за границу Петр поручил политический сыск Ромодановскому и задание царя тот не выполнил. Думаю, что руководитель Преображенского приказа попросту испугался и выжидал, на чьей стороне будет победа. По этому поводу Петр писал ему: «Я не знаю, откуды на вас такой страх бабей». Зато потом, когда мятеж был подавлен, а Петр вернулся в Россию, Ромодановский лез из кожи вон, чтобы служебным рвением загладить свою трусость и странную растерянность.

На современников глава Преображенского приказа производил пугающее впечатление, он имел славу пьяницы и кровопийцы. Всю свою жизнь рядом с Петром I он играл роль «князь-кесаря Всепьянейшего собора». Царь демонстративно отбивал ему поклоны, писал «челобитные», именовал его государем и подобострастно благодарил за награды. Ромодановский был предводителем всех маскарадов и попоек с участием Петра. Он входил в тот узкий круг особо доверенных людей, сподвижников-собутыльников, среди которых царь отдыхал.

Хотя в середине 1710-х годов Преображенский приказ перестал быть единственным органом сыска, Ромодановский до самой смерти оставался главным палачом державы.

Канцелярия тайных розыскных дел, более известная как Тайная канцелярия, была создана по приказу Петра I для расследования дела царевича Алексея Петровича, хотя указ об ее образовании не найден. 4 февраля 1718 года царь продиктовал П. А. Толстому «пункты» для первого допроса сына-преступника. Позже именно к Толстому стала сходиться вся информация по начатому розыску.

Завершив дело царевича Алексея, Тайная канцелярия не закончила на этом свою деятельность: она находилась под боком у царя, в Петропавловской крепости, и Петр, получив важный донос, поручал Толстому расследование очередного дела.

Выбор Петра Толстого на роль руководителя розыска по делу царевича Алексея можно объяснить тем, что он блестяще провел операцию по возвращению из-за границы блудного царского сына. Хитростью, лживыми обещаниями и угрозами он сумел выманить наследника престола из Италии в Россию. Толстой пытал царского сына в застенке, а потом участвовал в тайной казни несчастного царевича. За эти заслуги царь щедро наградил Толстого – он стал графом, тайным советником, президентом Коммерц-коллегии, сенатором, владельцем обширных вотчин.

До этой истории Толстой не входил в круг ближайших сподвижников царя. Вообще, карьера трудно далась ему. В молодости он принадлежал к лагерю врагов Петра I – Милославских, но быстро понял, что просчитался, поставил не на ту лошадь, и постарался сменить знамя, как только Петр укрепился у власти. И вот он, человек уже немолодой (он родился в 1653 или 1654 году), в начале 1697 года отправился волонтером вместе с несмышлеными недорослями за границу – учиться морскому делу. Конечно, не морские приключения манили Петра Андреевича, а желание угодить царю-шкиперу, загладить свою вину. В 1701 году он стал посланником в Стамбуле и проявил там незаурядный талант дипломата.

Заслужить доверие государя было нелегко: Петр был злопамятен, и никто из родственников и сторонников Милославских – заклятых его врагов – при нем карьеры не сделал. Ради того чтобы преодолеть инерцию недоверия царя, Толстой не останавливался ни перед чем. Будучи послом в Стамбуле, он своими руками отравил служащего посольства, когда узнал, что тот захотел жениться на турчанке и покинуть миссию.