Сойдя с пустынного острова, понял Никон, что отшельническая жизнь кончена и Господь ждет от него подвигов в миру. Так и случилось. Года через три поехал он по монастырским нуждам в Москву и познакомился там со многими людьми, за истинное благочестие в Православной церкви поборающими. Особенно сошелся Никон со Стефаном Вонифатьевичем, духовным отцом царя Алексея Михайловича, протопопом Кремлевского Благовещенского собора. Сей муж благоразумен, и житием добродетелен, и слово учительное во устах имеющий был истинным наставником молодого царя в вере и душеспасенном житии. Воспитанный в страхе Божием, Алексей Михайлович трепетно воспринимал наставления духовника и чуть не каждый день слушал Стефана Вонифатьевича, читавшего ему из Писания, творений святых отцов и избранных житий.

Духовник зело пекся о спасении души благочестивого царя, млада суща, да не совратится ум его на зло. Государь же в сладость слушал его и любил всей душою, как истинного отца. Никон, как и многие тогда, видел печальное состояние Церкви российской. Со всех сторон неслись голоса ревнителей об упадке благочестия, церковных беспорядках и нестроениях, которые не мог исправить слабохарактерный патриарх Иосиф. Надежда была на благочестивого царя, который один в целом мире оставался опорой и охранителем Вселенского православия, преемником императоров византийских как в царстве, так и в вере.

С царя, убеждал Стефан Вонифатьевич, взыщет Бог за нерадение в делах церковных, от чего и само царство Российское может пострадать, и уже страдает. Как неразумных детей, карает Господь подданных российских, видя церковные беспорядки и нестроения, зазорное поведение священников: лень, небрежение к службе, пьянство и бесчинство. Часто омраченные пьянством вбегают священнослужители безобразно в храм и отправляют службы без соблюдения устава и правил, поют и читают сразу в пять–шесть голосов одновременно, чтобы службу, хотя и непонятную никому из–за такого шума, быстрее окончить.

Так же и монахи, любя серебро, и золото, и украшения келейные, и одежды великолепные, желают достигнуть мирской любви пирами и взятками для великоименитых властей, жизнь ведут пьяную, разгульную и развратную. Архиереи же занимают кафедры подвижнической иноческой жизнью неискушенные и от неистовства подчиненных не удерживают, но сами гордостью в роскоши величаются. Удивительно ли, что простые люди светские в церквах бесчинствуют, грубые языческие игрища творят, отнюдь священным чином от того не возбраняемые?!

Видел Никон, как Стефан Вонифатьевич много плакал и рыдал о нестроении церковном, силясь негордым своим учением благочестие в православии укрепить. Всюду искал Стефан добродетельных священников, возвышая их царской милостью всем церковным членам в пример, ставя протопопами в большие и знаменитые храмы, где они могли бы учить народ. Живя в Москве, и сам Никон подружился с людьми из кружка Стефана и часто с ними беседовал об укреплении благочестия.

В Казанском соборе служил отысканный Стефаном в Нижнем Новгороде Иоанн Неронов, заведший у себя вместо шума в службе строгое единогласие, чтобы богослужение всем было внятно. В собор, посреди торга стоящий, множество народу собиралось, и сам царь с семьей приезжал почасту слушать поучения, которыми Неронов отвращал людей от злых обычаев и призывал к добрым делам. Тем же, кто в соборе не мог поместиться, Иоанн написал на стенах церковных поучительные слова в пользу душам прихожан.

Нашел и возвысил Стефан Вонифатьевич и пламенного протопопа Аввакума Петрова, послав его бороться с неправдами и пороками в Юрьевец Повольский. В Кострому направлен был ревностный протопоп Даниил. В Муром поставлен неутомимый протопоп Логгин, который по вся дни, ночи и часы проповедовал слово Божие, а церковных мятежников, противящихся преданию святых апостолов, обличал и от стада Христова отгонял. Так же учил людей книжный знаток Лазарь, поп романо–борисоглебский, и другие ревнители благочестия, не раз собиравшиеся в доме Стефана Вонифатьевича и говорившие во дворце перед царем Алексеем Михайловичем об утверждении святых церквей и прекращении всяких бесчинств.