Невелики были утвержденные собором изменения, но и этого было нелегко добиться. Ведь решения собора показывали, что в русской церковной практике — о ужас! — есть новоизобретенные чины и обряды, есть уклонения от истинного благочестия. Недаром Никон собрал на собор лишь сильно зависимых от него церковных иерархов, не случайно строил свои вопросы к собору столь хитроумно: «И о сем прошу решения — новым ли нашим печатным служебникам последовати или греческим и нашим старым, которые купно обои един чин и устав показуют?» А во избежание разномыслия патриарх просил первым ответить на его вопросы царя Алексея Михайловича. Правда, один человек осмелился выступить против публично объявленного желания царя. Епископ Павел Коломенский вздумал не соглашаться с мнением о поклонах, ссылаясь на какие–то старые рукописи! Но уж Никон его укоротил — сослал, законопатил в темницу и огнем сжег на страх всем инакомыслящим, — и наступила тишина и единение в соборе освященном.

Чтобы закрепить успех, немедленно после собора Никон послал грамоту к Константинопольскому патриарху Паисию с двадцатью семью вопросами, на которые просил прислать соборно утвержденный ответ, заранее признавая высший авторитет восточных иерархов в русских церковных делах. Однако дожидаться ответа Никон не стал. Воспользовавшись приездом в Москву Антиохийского патриарха Макария и Сербского архиепископа Гавриила, он собрал новый собор.

В 1655 г. в Неделю православия богослужение в кремлевском Успенском соборе было особенно пышным. В присутствии российских и иностранных архиереев московский патриарх довершил начатую ранее расправу с иконами франкского письма . Моровую язву, солнечное затмение, разные другие бедствия приписывали россияне отданному Никоном год назад приказанию выцарапывать глаза таким иконам. Народ волновался, в адрес патриарха неслись угрозы. Но не таков был Никон, чтобы отступить с полдороги.

В присутствии царя, придворных и духовенства, при огромном стечении народа патриархи Московский и Антиохийский предали анафеме и отлучили от Церкви всех, кто изготовлял или держал у себя франкские иконы. Показывая народу конфискованные образа, Никон бросал их об пол, разбивая в щепки. При этом он объявлял имена сановников, у которых были найдены преступные изображения. Царь Алексей Михайлович стоял здесь же с непокрытой головой. Лишь когда патриарх довершил свое дело и приказал сжечь обломки, государь тихонько попросил его предать щепки земле, а не огню. Никон соблаговолил согласиться.

После этой расправы патриарх Московский произнес проповедь против двоеперстного крещения, утверждая, что оно нигде в мире не употребляется православными, и заставил патриарха Паисия подтвердить свои слова. В тягостном молчании расходились люди с этого богослужения, закончившегося оскорблением всенародных верований, но ни один человек не посмел возразить своему духовному владыке. Можно было открывать церковный собор.

В марте 1655 г. на соборе с участием иностранного духовенства Никон решил окончательно закрепить свое решение о последовательном исправлении русских церковнослужебных книг и обрядов. Первым делом, вспоминал опальный патриарх, надо было прочесть грамоту патриарха Паисия, рассказывающую о решениях константинопольского собора. Многословно похвалив своего «возлюбленного брата и сослужебника», Константинопольский патриарх благословлял его на устранение разногласий в обрядах, отвечал на все 27 вопросов и указывал на другие подлежащие исправлению нововведения Русской церкви.