Подозрение в близости к Софье опровергается тем фактом, что позже сам Петр I повелел оставить старого и ослепшего Илариона на кафедре. Второе заключение вытекает из общего либерального отношения Иоакима к духовной интеллигенции — при известной нетерпимости архипастыря к архиереям, осмелившимся противоречить ему в церковной сфере.

Не забудем о том, что наибольший личный интерес к острым публицистическим выступлениям Римского–Корсакова проявлял яркий и безусловный единомышленник Иоакима, архиепископ Афанасий Холмогорский, известный как убежденный грекофил, традиционалист в сфере религии и в быту, упорный борец с расколом и по политическим пристрастиям — безусловный «петровец», поддержавший стремление юного царя получить для России выходы к морям .

Афанасий (в миру Алексей Артемьевич Любимов, 1641— 1702) родился в г. Тюмени и получил хорошее домашнее воспитание, видимо, благодаря матушке своей Пелагее (в будущем — игуменье Тюменского Алексеевскою монастыря Параскеве). В 1666 г. он принял постриг в Далматовском Успенском монастыре и продолжил образование под руководством основателя обители Долмата, известного книжника, по убеждениям близкого к староверам (как и покровительствовавший Афанасию игумен монастыря Исаак). Видимо, еще в монастыре юноша на основе множества авторитетных источников составил свой «Шестоднев», в коем отразил, помимо прочего, естественно–научные и космологические представления образованного россиянина конца XVII в.

В том же 1666 г. Тобольский архиепископ Корнилий, узрев в Афанасии человека образованного, сведущего в богословии и энергичного, приблизил его к себе. В должности крестового иеродиакона Тобольского архиерейского дома, а с 1674 г. — игумена Долматовского монастыря, Афанасий приобщился к церковной администрации и хозяйственному управлению, решению монастырских конфликтов, а также, отставив свои симпатии к староверам, зорко следил за единообразием богослужения в соответствии с новоисправленным Служебником. Неведомо за что Корнилий (теперь уже митрополит) в 1677 г. ненадолго ссылал Афанасия в Енисейский острог.

Эти внешние события биографии Афанасия не меняли подмеченного историком В. М. Верюжским факта, что «стремление к образованию, книжности составляет основной мотив его жизни». В 1679 г., приехав по монастырскому поручению в Москву, сибиряк приходит в восторг от патриаршей библиотеки, а Иоаким не отпускает его от себя, делая крестовым иеромонахом. Правда, в марте 1682 г. царь Федор, настаивая на выполнении своего плана епархиальной реформы, добивается возведения Афанасия в сан архиепископа на новообразованную Холмогорскую епархию.

Но последовавшие вскоре бунташные события задерживают архиепископа при патриархе. Именно Афанасий участвует в выносе тела покойного царя Федора и его отпевании, ведет праздничные богослужения и играет видную роль в царском венчании Ивана и Петра 25 июня 1682 г. 5 июля, по свидетельству всех источников, именно этот молодой (всего 41–летний) архиерей, искушенный в вопросах догматики и отлично знающий староверов, играет от Церкви главную роль на организованных царевной Софьей прениях в Грановитой палате.

Неведомо, кто составлял тогда речь самого патриарха (видимо, Истомин). Но разбор и опровержение старообрядческой челобитной на основе многочисленных выписок из древних греческих и славянских книг -— «Увет духовный», изданный в кратчайшие сроки (под присмотром Кариона) от имени патриарха Иоакима, — был за 50 дней написан Афанасием Холмогорским . «Увет», сразу отпечатанный тиражом 1200 экземпляров и выдержавший немало переизданий, еще только расходился по стране, а Афанасий 18 октября 1682 г. уже прибыл в Холмогоры и лично вступил в решительную борьбу с расколом.

Иоаким не прогадал, возвысив ученого сибиряка.