Созданная Афанасием при архиерейском доме библиотека почти в пять сотен томов была в значительной мере плодом его вдумчивой и усердном собирательской работы. Архиепископ подобрал и обучил замечательных книгописцев, оформителей и реставраторов рукописей, качество работы которых выше всяких похвал. Книги для переписки Афанасий подбирал лично во время поездок в Москву — в библиотеках патриарха, Кариона Истомина, Игнатия Римского–Корсакова, — а также в книгохранилищах Соловецкого, Сийского и других монастырей.

История и современная литературная публицистика занимали в библиотеке Афанасия весьма видное место. Развернув с самого начала своего архиерейского служения масштабное каменное строительство в епархии, Афанасий выписал из патриаршей библиотеки специальную книгу по архитектуре, заказал рисунки храмов и лично наблюдал за работой каменщиков. В связи с книгописным делом возникла у него потребность в миниатюристах–изографах, затем образовалась иконописная мастерская, причем имена художников были занесены в архиерейскую летопись.

При всех заботах архиепископ успевал наезжать в Москву и оставался в курсе важнейших событий. Уже после кончины патриарха Иоакима Афанасий сопровождал Петра I в поездках по Северу и написал записки «О высочайших пришествиях… Петра Алексеевича… на Двину к Архангельскому городу, троекратно бывших». Ему же приписывают сведение в книгу материалов об Азовских походах (которым занимался Карион Истомин и весьма интересовался Игнатий Римский–Корсаков, поместивший книгу «Вести из–под Азова» в свой летописный свод).

Помимо исторического, публицистического и художественного («художеством» тогда широко именовали всякое мастерство), в книжности проявился естественно–научный интерес архиепископа Афанасия, самолично составившего «Реестр из дохтурских наук» (1695) и, в ходе подготовки Северной войны — «Описание трех путей из России в Швецию» (1700) с информацией о городах, селениях и укреплениях на местах будущих боевых действий, в коих пастырь принимал участие как строитель и пожертвователь.

Но это было позже. А в 1680–х  гг. патриарх Иоаким нашел в Афанасии не только энергичного борца против староверов и издавна беспокоившего его проникновения иноземных ересей через морской порт. Именно Холмогорский архиепископ отважно устремился в затеянную Евфимием Чудовским с помощью Лихудов полемику о пресуществлении Святых даров. В «Книге о православном исповедании» (черновик датирован 20 декабря 1688 г.) Афанасий с помощью многочисленных вьюн–сок «от апостольских и отеческих догмат и писаний» силился доказать, правоту грекофилов. Дело это было, мягко говоря, затруднительное. Однако архиепископ не сдавался ив 1690 г. прислал в Москву новую толстую книгу с критикой не только «латинской ереси» в вопросе о пресуществлении, но всех «ново–явившихся» на Руси католических и протестантских идей. На эту книгу Афанасия, как писал архиепископу Игнатий Римский–Корсаков, больной и уже умирающий патриарх Иоаким' «титлу… (заглавие) положил — нарек Щит веры». В письме, написанном после кончины Иоакима и избрания новым патриархом Адриана 24 августа 1690 г., Игнатий тепло вспоминал последние встречи с Афанасием в Москве (летом 1689 г.), после которых успел получить с Холмогор два послания архиепископа, но из–за бурных событий в столице не успел ответить.