Патриарх не стал задним числом винить Пафнутия, ибо сам заинтересовался обладавшим литературным даром писцом и взял его на свой двор. Григорий переписывал у Иова книги, знакомился с летописями и царскими чинами, составлял каноны святым, беседовал с много знающим патриархом и его келейником летописцем Иосифом. В отличие от Иосифа, Григорий бойко разбирался в деловых бумагах; Иов сделал его личным секретарем, брал на заседания освященного собора и Боярской думы. Монашек узнал в лицо и определил характер большинства архиереев и царских сановников.

Но Иов почувствовал, что Григорий не пришелся ко двору: слишком умен, слишком боек, колет глаз; под него начали копать и светские, и духовные; патриарх вскоре отослал парня от греха подальше обратно в Чудов монастырь. Возможно, его достали бы и там, но Григорий бежал. Через пару лет на Западе возникла фигура самозванца, затем власти сочли, что Лжедмитрий и Григорий — одно лицо. Не уберегся Иов, не разглядел опасности — дал повод для обвинения себя перед Годуновым!

Пока самозванец сидел за границей, можно было попытаться убрать его без лишнего шума. Патриарх Иов с согласия царя Бориса написал послание киевскому воеводе князю Василию Острожскому, представителю фамилии, твердой в православии. Во имя веры Иов убеждал князя не верить монаху–расстриге, писал, что сам хорошо знал беглеца, заклинал показать себя достойным сыном Церкви, схватив самозванца и переправив его в Москву. Патриарший посланец Афанасий Пальчиков вернулся от князя без ответа, однако стало известно, что власти великого княжества Литовского не оказали Лжедмитрию никакой поддержки.

Несмотря на наступление католической реакции, православное духовенство Речи Посполитой обладало значительным влиянием. Иов утвердил на освященном соборе и скрепил печатями грамоту к духовенству Польши и Литвы, увещевающую воспрепятствовать готовящемуся кровопролитию. Патриарший гонец Андрей Бунаков был перехвачен на границе в Орше. В августе 1604 г. Лжедмитрий выступил в поход, а в октябре его маленький отряд пересек границу и скрылся в лесах.

Авантюрист должен был быть раздавлен со своим смехотворным войском, но как маленький камушек вызывает все сокрушающую лавину, так тень царевича Дмитрия, разрастаясь с неимоверной скоростью в ядовитом тумане гражданского раздора, покрывала пространства России огнем и кровью братоубийственной войны, накатываясь на Москву.

Больной, изможденный в борьбе с тенью царевича царь Борис Федорович то в неистовстве обрушивался на окружающих, обвиняя всех в предательстве, то впадал в бесовские сношения с чернокнижниками. Он заставлял патриарха Иова и Василия Ивановича Шуйского, которые когда–то помогли ему унять шум вокруг смерти царевича Дмитрия, еще и еще раз выступать перед московским народом с уверениями, что царевич действительно мертв.

Иов и Шуйский, как скоморохи, должны были разыгрывать сцену, где один описывал, как погребал маленького Дмитрия, а другой живописал свою промашку с Григорием Отрепьевым. Не раз в толпе слышались слова: «Говорят они то поневоле, боясь царя Бориса, а Борису нечего другого говорить — если этого ему не говорить, так надобно царство оставить и о животе своем промышлять!»

Когда–то Иов утверждал, что глас народа — глас Божий. Он осмелился инсценировать этот Божий глас и твердил, что династия Рюриковичей кончилась. Теперь истинный глас народа утверждал противное, но патриарх не сдавался. В январе 1605 г. по стране стали расползаться списки его Богомольной грамоты, дававшей новый поворот идейному спору сражающихся сторон.