О происшедшем согласно рассказывают сам патриарх и автор «Нового летописца». Иов ожидал убийц в Успенском соборе, привычно готовясь к совершению литургии. Толпа с оружием и дрекольем ворвалась в собор и в царские палаты, разламывая и рубя на куски позолоченные фигуры Христа, Богородицы и архангелов, приготовленные для украшения ковчега Господней плащаницы. Иова вытолкали из алтаря и, избивая, поволокли на Красную площадь, к Лобному месту.

Здесь произошла заминка. Соборные клирики, поначалу разбегавшиеся во все церковные двери, опомнились и подняли громкий крик, с плачем умоляя толпу образумиться и прекратить беснование. Бесчестившие и зверски избивавшие патриарха тоже завопили, «ругаясь без милости сурово и безчеловечно». Убийцы кричали, что терзают Иова за то, что он «наияснейшего царевича Димитрия расстригой называет!».

Огромная толпа заволновалась: одни стремились убить Иова, другие боялись такого согрешения; «и распрение было лютое в народе». Когда более сплоченные сторонники убийства начали одолевать, из Кремля донеслись крики: «Вельми богат Иов патриарх!» Это кричали сторожа, приставленные сторонниками Лжедмитрия охранять патриарший двор. Злодеи растерялись: то ли довершать свое дело, то ли спешить к грабежу, — и умеренная часть толпы получила преимущество.

С воплями: «Богат, богат Иов патриарх! Идем и разграбим имения его!» — самые опасные злодеи бросились на патриарший двор, в скором времени разломав и разграбив все, что Иов накопил в келейной и домовой казне. Тем временем агенты Лжедмитрия, столь ловко изменившие ситуацию, извлекли патриарха из толпы и отвели в Успенский собор. Самозванец не мог позволить себе начинать царствование с убийства московского первосвятителя!

Он желал лишь низложения непокорного патриарха и удаления его с политической авансцены. Посланцы Лжедмитрия, объявив Иову, что его решено сослать «под начал», то есть в монастырское заточение, даже спросили, где он хочет оказаться. Патриарх, конечно, выбрал свое «обещание» — Старицкий Успенский монастырь, где он принимал пострижение и начинал карьеру и где хотел бы, по монашескому обычаю, закончить свои дни.

Процедура низведения с патриаршего престола прошла мирно. Иов сам снял с себя панагию — знак архиерейской власти и Положил к образу Богородицы Владимирской. Ему не мешали произнести слезную молитву и даже повторить обличение новой Власти. Пока я 19 лет носил святительский сан, говорил Иов перед иконой, «сия православная християнская вера нерушима была, ныне же грех ради наших видим на сию православную християнскую веру находящую (веру) еретическую!».

После продолжительной молитвы низвергаемого патриарха с Иова сняли разодранное в толпе святительское платье и надели простую черную ризу, усадили в приготовленную телегу и без промедления отослали в Старицу под конвоем . Впрочем, заточение было не тяжким. Молодой, но уже прославившийся смирением Успенский архимандрит Дионисий, приняв от приставов указ Лжедмитрия содержать бывшего патриарха «в озлоблении скорбном», на славу угостил их и отпустил с честью. Сам же архимандрит и не думал подчиняться указу, представив Иову полную свободу и оказывая всяческое почтение.

Наличие у приставов указа Лжедмитрия еще раз подтверждает, что самозванец отнюдь не хотел допустить убийства патриарха, а суровость указа лишний раз свидетельствует о твердости позиций, которые занимал Иов. Свою неизменную верность Годуновым он еще раз подтвердил в 1607 г., когда уже отошел в небытие первый Лжедмитрий и пронеслась над Россией Крестьянская война Болотникова, на престоле сидел Василий Шуйский, а на горизонте маячили новые самозванцы.