С особой силой репрессии не только на фронте, но и в тылу в отношении «эксплуататорских классов» вспыхнули после того, как В.И. Ленин 30 августа 1918 г. был тяжело ранен правой эсеркой Ф.Е. Каплан (Ройд) по окончании митинга на заводе бывшего Михельсона. В тот же день в Петрограде юнкер-эсер Л.А. Каннегисер убил председателя Петроградской ЧК М.С. Урицкого, известного своими суровыми расправами над «эксплуататорами». На следующий день центральные газеты опубликовали воззвание ВЦИКза подписью его председателя Я.М. Свердлова, в котором отмечалось: «На покушения, направленные против его вождей, рабочий класс ответит еще большим сплочением своих сил, ответит беспощадным массовым террором против всех врагов Революции». 5 сентября нарком юстиции Д.И. Курский, нарком внутренних дел Г.И. Петровский и управляющий делами СНК В.Д. Бонч-Бруевич подписали постановление СНК РСФСР «О красном терроре». В соответствии с этим постановлением только в Петрограде, по официальным данным Чрезвычайной комиссии от 20 октября 1918 г., было расстреляно 500 заложников, а в Москве — более сотни человек.

Л.Д. Троцкий, находясь на Восточном фронте, продолжал наводить порядок в его войсках. 9 сентября он подписывает приказ № 367, в котором требовалось по опыту 5-й армии создавать летучие отряды и десятки, функции которых были расширены. Им предстояло действовать в ближайшем тылу, вести «суровую борьбу с дезертирством, индивидуальным и массовым», обеспечивать выполнение боевых приказов и вести борьбу с хулиганством и озорством. Одновременно Троцкий для наведения порядка и поднятия морального духа в войсках использовал не только репрессивные меры, но и силу личного примера и материального стимулирования. К концу 1918 г., по неполным данным, на Восточном фронте действовали два заградительных отряда при 3-й армии и один — при 1-й армии (см. приложение).

Меры, предпринятые Л.Д. Троцким и командованием Восточного фронта, вскоре принесли свои плоды. 10 сентября войска фронта освободили Казань, через день — Симбирск, 26 сентября заняли Хвалынск, 3 октября — Сызрань и 7 октября — Самару. Войска 2-й армии в периоде 20 сентября по 8 октября очистили территорию от Чистополя до Агрыза и Сарапула, выйдя к Ижевскому и Боткинскому заводам. В дальнейшем армии фронта развивали наступление на Уральском, Оренбургском, Уфимском и Екатеринбургском направлениях. Но вскоре наступление стало давать сбои из-за возросшего сопротивления противника. К тому же сказывалась и неготовность красноармейцев и командиров вести боевые действия в условиях горно-лесистой местности. Ценою огромных усилий 1-я и 4-я армии потеснили уральские и оренбургские казачьи части, овладев 22 января 1919 г. Оренбургом и 24-го — Уральском.

На Южном фронте в ноябре 1918 г. инициатива перешла к противнику, который прорвал оборону советских войск и вынудил их к отходу. Наиболее сложная обстановка создалась в полосе 8-й армии (командующий В.В. Чернавин), о чем можно судить по приказу № 62 от 20 ноября, изданному Л.Д. Троцким, находившимся в то время на Южном фронте. В приказе отмечалось:

«Части 8-й армии отличаются в большинстве своем крайним недостатком устойчивости. Целые полки разваливаются нередко при столкновениях с незначительными и тоже не весьма стойкими частями противника… Положить этому конец и повысить устойчивость армии можно только системой организационных, воспитательных и репрессивных мероприятий, проводимых сверху твердой рукой… Малейшие отступления от потребностей и правил боевого порядка должны караться по законам военного времени.