Войска Южного фронта, получив подкрепление, перешли 23 ноября в контрнаступление. Оно вначале развивалось успешно, но затем части Донской армии стали оказывать все более упорное сопротивление. В результате замедлилось продвижение войск Южного фронта на Камышинском и Арчединском направлениях, в некоторых армиях, в том числе в 8-й, массовое явление приобрело дезертирство. Для борьбы с дезертирами ставка делалась на заградительные отряды. Л.Д. Троцкий 18 декабря телеграфировал командованию Южного фронта: «Как обстоит дело с заградительными отрядами? Необходимо иметь, хотя бы в зародышевом состоянии, сеть заградительных отрядов (выделено нами. — Авт.) и точно разработать порядок их укомплектования и развертывания».

19 декабря 1918 г. на заседании Реввоенсовета Республики был рассмотрен вопрос об усилении борьбы с дезертирством и принято решение создать временный орган (комиссию) с самыми широкими полномочиями в составе представителей Всероссийского Главного штаба (Всероглавштаб), Всероссийского бюро военных комиссаров (Всеробюровоенком) и наркомата внутренних дел. В постановлении РВСР отмечалось: «… 8. Одной из форм наказания для дезертиров является направление их в особые опороченные части (разработать положение об опороченных частях)…».

В соответствии с предложениями Реввоенсовета Республики Совет рабоче-крестьянской обороны (СРКО) принял 25 декабря постановление «О дезертирстве». Оно предусматривало создание Центральной временной комиссии по борьбе с дезертирством, в которую вошли представители Всероглав-штаба, Всеробюровоенкома и наркомата внутренних дел.

На местах 3 марта 1919 г. были созданы губернские комиссии по борьбе с дезертирством. Были введены меры наказания за дезертирство: от условного лишения свободы вплоть до расстрела; конфискация имущества дезертиров, лишение их земельного надела или его части.

Л.Д. Троцкий тем временем продолжал наводить порядок на Южном фронте. В своем приказе № 160 по 10-й армии от 8 января 1919 г. он писал: «Требую беспощадной расправы с дезертирами и шкурниками, которые парализуют волю 10-й армии. Не сомневаюсь, что лучшие части 10-й армии сомкнутся и вместе с другими армиями Южного фронта задушат, наконец, красновскую гадину. Никакой пощады дезертирам и шкурникам. За невыполнение приказа, бессмысленную трусость в первую голову отвечают командиры и комиссары».

Меры, принятые председателем Реввоенсовета Республики, принесли свои плоды. В войсках Южного фронта удалось навести порядок и значительно повысить дисциплину и организованность. Они активизировали свои действия и перехватили инициативу из рук противника. Однако войскам фронта не удалось закрепить свой успех из-за того, что в его тылу началось восстание казаков. Оно было спровоцировано Организационным бюро ЦК РКП (б), созданным 16 января 1919 г. в составе трех членов ЦК Я.М. Свердлова, H.H. Крестинского и М.Ф. Владимирского. На своем заседании, состоявшемся 24 января, они приняли текст циркулярного письма ЦК об отношении к казакам. В письме требовалось «провести массовый террор (подчеркнуто в документе. — Авт.) против богатых казаков» и «беспощадный массовый террор по отношению ко всем вообще казакам, принимавшим какое-либо прямое или косвенное участие в борьбе с Советской властью». Претворение в жизнь решения Оргбюро ЦК РКП (б) привело к восстанию Мигулинской, Вешенской, Казанской и ряда других станиц. Для его подавления Донское бюро РКП (б) во главе с С.И. Сырцовым, Донской ревком и командование Южного фронта предписывали реввоенсоветам армий широко применять заградительные отряды. В ночь с 10 на 11 марта, когда началось восстание в станице Казанской, для борьбы с повстанцами исполком станицы использовал два заградительных отряда. В ходе ожесточенного боя оба отряда, понеся огромные потери, отступили.

Репрессии, обрушившиеся на казаков, вызвали тревогу у некоторых политических и военных работников.