Репрессии, обрушившиеся на казаков, вызвали тревогу у некоторых политических и военных работников. Поэтому ЦК РКП (б) был вынужден 16 марта признать: «Ввиду явного раскола между северным и южным казачеством на Дону и поскольку северное казачество может содействовать нам, мы приостанавливаем применение мер против казачества и не препятствуем их расслоению». Однако местные, партийные, советские и военные власти и прежде всего Донское бюро РКП (б) во главе с С.И. Сырцовым и Донской ревком фактически игнорировали решение ЦК и продолжили политику «расказачивания». Для подавления восстания по распоряжению командующего Южным фронтом были сформированы экспедиционные войска под командованием бывшего прапорщика П.Е. Княгницкого. В район восстания перебрасывалась часть резерва Главкома бывшего полковника И.И. Вацетиса.

Несмотря на принятые меры, экспедиционные части, испытывавшие недостаток в силах и средствах, не смогли справиться с восставшими казаками. К тому же войска Вооруженных Сил Юга России генерала А.И. Деникина нанесли серию мощных ударов по войскам Южного фронта, что сказалось на их действиях по ликвидации восстания на Дону. Положение на Южном фронте еще больше усугубилось в связи с отказом начальника 6-й Украинской стрелковой дивизии бывшего штабс-капитана H.A. Григорьева отправиться из Елисаветграда для оказания помощи Венгерской Советской Республике. При опоре на местное население H.A. Григорьев 7 мая поднял мятеж, захватил Черкассы, Умань, Кременчуг, Екатеринослав, Херсон, Николаев и другие города.

В.И. Ленин 6 мая 1919 г. потребовал от реввоенсовета Южного фронта принять энергичные меры и подавить восстание на Дону. На Южный фронт снова прибыл Л.Д. Троцкий, по указанию которого в район восстания были направлены 33-я стрелковая дивизия, запасная бригада, кавалерийский и два артиллерийских дивизиона, началось формирование заградительных отрядов из коммунистов. Одновременно значительные силы Украинского фронта (части 1, 2, 3-й Украинских советских армий, гарнизоны Харьковского военного округа, военные школы, Днепровская военная флотилия) провели операцию по разгрому отрядов H.A. Григорьева. Для прикрытия стыка с правым крылом Южного фронта была выделена только одна бригада Н.И. Махно. Этим воспользовался противник, легко опрокинувший ее и захвативший к концу мая станцию Миллерово. Н.И. Махно, потерпев поражение, принял решение о формировании самостоятельной повстанческой армии. В этой связи Л.Д. Троцкий 6 июня в приказе № 107 отмечал: «…Всем военным властям и заградительным отрядам, высланным по моему распоряжению, отдан приказ ловить всех тех предателей, которые самовольно покидают свои части и перебегают к Махно, и предавать их Революционному трибуналу как дезертиров для суда по законам военного времени. Им кара может быть только одна — расстрел».

Н.И. Махно, чувствуя, что сила не на его стороне, да еще под впечатлением разгрома H.A. Григорьева, предпочел капитулировать.

Одновременно усложнилась обстановка и на северо-западе России, где северный корпус генерала К.К. Дзерожинского создал угрозу Петрограду, который обороняли войска 7-й армии Западного фронта. В целях восстановления положения под Петроградом принимались различные меры, в том числе и карательные. Заместитель председателя РВСР Э.М. Склянский 19 мая докладывал Л.Д. Троцкому: «Сталин (уполномоченный Совета Обороны в Петрограде. — Авт.) сообщил: фронт приводится в порядок, посланы 3 карательных роты в Лугу, Гатчину и Красное Село. Зиновьев (председатель Петроградского совета. — Лет.) выезжает в Лугу, Сталин в Старую Руссу, рассеянная шестая дивизия перехвачена и приводится в порядок, комдив, проявивший трусость, — смещен».

Однако не только измена H.A. Григорьева, попытка Н.И. Махно создать свою армию, недостатки в организации и ведении боевых действий сказывались на боеспособности Красной Армии.