Свои странности происходили и с фактически главным кораблем серии – броненосцем "Император Александр III". Броненосец возглавил список 2-й эскадры, объявленный 10 мая в извещении ГМШ и в приказе по морскому ведомству № 116 от 7 июня 1904 г. Окончательно этот состав определился только 24 апреля, когда по приказанию Управляющего список, составленный 7 февраля (четыре броненосца серии, "Сисой Великий" и крейсер "Олег"), был дополнен броненосцем "Наварин", крейсером "Адмирал Нахимов" (их исключали из состава Учебно-артиллерийского отряда, заменив крейсером "Владимир Мономах" и броненосцем "Адмирал Лазарев") и 8 миноносцами. Свое трудное формирование эскадра начала первым циркуляром штаба от 6 мая 1904 г. и первым приказом Командующего от 12 мая 1904 г. Уже тогда в нем отражались оригинальные взгляды Командующего, который считал нормальным воспитательным приемом терроризировать матросов круговой порукой, запретив увольнять команду корабля на берег, пока не явятся все опоздавшие (циркуляр штаба № 203). Творческий и боевой опыт Порт-Артурской эскадры он считал несущественным. Приказом № 5 от 8 июля была, в частности, объявлена к руководству "Организация артиллерийской службы на судах 2-й эскадры флота Тихого океана", чем фактически перечеркивались соответствующие документы 1-й эскадры.

Уже в походе адмирал в одном из приказов не постеснялся обвинить 1-ю эскадру в том, что она "проспала" лучшие свои корабли, хотя в неготовности ее к японскому нападению в огромной степени повинен был он сам. Полным забвением на эскадре З.П. Рожественского накопленного в Порт-Артуре опыта минной безопасности и траления в море был несказанно изумлен В.И. Семенов. Не видел командующий эскадрой и необходимости применить принятую в Тихом океане еще до войны маскировочную окраску. Забыт был и весьма показательный приказ С.О. Макарова № 3 от 29 февраля 1904 г., разъясняющий, что "для военных целей хорошая окраска наружного борта вредна", что чем хуже окрашено судно, тем для военных целей лучше". Этот принцип был выдержан при окраске соединенных эскадр 1895 г. в Чифу, где С.О. Макаров командовал эскадрой Средиземного моря, а З.П. Рожественский – еще в январе входившим в состав эскадры крейсером "Владимир Мономах".

Но З.П. Рожественский особой пользы в маскировочном окрашивании кораблей не признавал, а однажды на очередной запрос о цвете окраски, сделанный в 1903 г. С.О. Макаровым, отозвался раздраженной резолюцией: "но можно красить в шаровый, и в белый, и не стоит вопрос переписки". А потому и необходимости окрасить свои корабли в цвет, принятый в Тихом океане, адмирал не видел. Поэтому, надо понимать, и вошедший в состав 2-й эскадры "Император Александр III" он приказал окрасить из белого (довоенного, по заведенному положению) цвета в традиционный черный цвет внутреннего Балтийского плавания.

Как явствовало из обращения С.К. Ратника в ГУКиС от 18 июня 1904 г., Балтийский завод "уже много раз" производил окраску броненосца в счет сметной стоимости работ. Теперь пришлось окрашивать корабль из белого цвета в черный. Но командир броненосца эту окраску признавал только предварительной и требовал повторить ее еще два раза. "Медяшка", надраиваемая до сияния "бычьего глаза", "драма", вызываемая всякой даже чуть-чуть недотянутой снастью, безукоризненно щегольская окраска, подновляемая при малейших заметном пятне, неровности или царапине – всю эту марсофлотскую культуру, воспитанную десятилетиями плаваний на кораблях гвардейского экипажа (от яхты "Стрела" в 1894 г. до крейсера "Адмирал Нахимов" в 1902-1903 гг.), Н.М. Бухвостов без колебаний начал внедрять и на вверенном ему броненосце.

Бесполезен оказался и опыт маскировочного окрашивания (вместе со всей эскадрой 1895 г.