Однако воцарение боярского ставленника В. И. Шуйского не принесло стране мира и покоя. В западных городах вновь стала разворачиваться авантюра Лжедмитрия, уже второго по счету. Сначала Москву осадили полки И. И. Болотникова, потом летом 1608 года подошел Лжедмитрий Пи образовалось двоевластие. В это время сестра Михаила Татьяна вышла замуж за князя И. М. Катырева Ростовского, состоявшего в родстве с новой царицей, Марией Петровной Буйносовой Ростовской.

Мать Михаила оказалась приближенной ко двору, но никаких дополнительных благ ей это не принесло, поскольку Москва находилась на осадном положении. Вновь приходилось терпеть лишения от голода и холода. Муж Татьяны разочаровался в старом и скупом на пожалования царе Василии и решил переметнуться к Лжедмитрию II в Тушино. Однако его замысел раскрылся, и князь Катырев оказался в сибирской ссылке.

Отец Михаила, митрополит Филарет, оказался в плену у тушинцев. Те, желая превратить свой табор во вторую столицу, провозгласили его своим патриархом. Неудивительно, что после этого царь Василий стал с некоторым подозрением относиться к Михаилу и его матери.

Правда, уже летом 1610 года Шуйского свергли с престола. Во временное боярское правительство Семибоярщина вошло сразу несколько родственников Михаила: родной дядя Иван Никитич, его двоюродный брат Ф. И. Мстиславский, женатый на А. Н. Романовой Б. М. Лыков, женатый на дочери М. Н. Романовой Ф. И. Шереметев и И. М. Воротынский, прабабка которого представляла род Захарьиных. Все они покровительствовали юному Михаилу и его матери.

Вскоре в столице оказался и Филарет. Его назначили главой Смоленского посольства, отправившегося к королю Сигизмунду III для решения вопроса о воцарении в Москве королевича Владислава.

Несомненно, Михаил и его мать надеялись, что в стране наконец то установятся мир и покой, но и на этот раз ситуация лишь усугубилась. В столицу был введен польский гарнизон под предлогом защиты ее от Лжедмитрия II. Посольство к Сигизмунду провалилось, поскольку выяснилось, что король сам хочет править Русским государством. Хотя в декабре 1610 года самозванец погиб, поляки отказались выходить из Москвы и принялись наводить в ней свои порядки. Послы во главе с Филаретом были арестованы и отправлены в плен в Польшу.

Михаил с матерью и сестрой оказались «невольными сидельцами» и уже в который раз терпели всевозможные лишения. Здоровье Татьяны оказалось настолько подорванным, что летом 1611 года она умерла. Ей было всего 18 лет. Много невзгод перенесли и Михаил с матерью, пока 24 октября 1612 года их не выпустили из осажденного Кремля. Ополченцы позволили им уехать в далекое костромское имение Домнино для поправки здоровья. Но и там жить было очень опасно из за разбойничавших повсюду казаков и поляков, входивших прежде в армию Лжедмитрия II. Только благодаря подвигу Ивана Сусанина будущий царь и его мать не попали в плен к шайке воров и грабителей. Вовремя оповещенные об угрозе, они переехали в костромской Ипатьевский монастырь, окруженный мощными крепостными стенами. Там они и узнали о решении избирательного Земского собора.

Существует версия о том, что мать Михаила Марфа Ивановна заранее узнала от Ф. И. Шереметева о решении собора избрать ее сына на царство. В ответ она написала письмо, в котором выразила свое категорическое несогласие. Она прекрасно помнила, чем закончилось воцарение и Бориса Годунова, и Василия Шуйского, й Лжедмитриев, и очень опасалась, что ее единственного сына постигнет та же участь. К тому же править в совершенно разоренной стране было равносильно самоубийству.

Однако члены Земского собора не посчитались с мнением Марфы Ивановны, поскольку иной, более подходящей и устраивавшей всех кандидатуры попросту не было. Итак, хотя Михаил и был избран государем, свое согласие им стать он никому не давал и его мнение по этому поводу Земскому собору известно не было.