Высокородная московская знать, презиравшая худородного Бориса, пожелала посмертно лишить его царских почестей. Свежая могила Годунова в Архангельском соборе была раскопана, тело умершего удалено из церкви. Очевидец событий Я. Маржарет засвидетельствовал, что все это сделано было «по просьбе вельмож».

Желая искоренить память о свергнутой династии, бояре распорядились бросить тело Бориса в простой гроб и закопать его в ограде захудалого женского Варсунофьева монастыря на Сретенке. По свидетельству «хранителя» царских гробов в Архангельском соборе, произошло это 5 июня 1605 г.

Бояре надеялись заслужить милость самозванца. Фактически же их действия развязали руки Отрепьеву.

По словам К. Буссова, в Серпухове царь «Дмитрий» объявил, что он не приедет в Москву «прежде, чем будут уничтожены те, кто его предал, все до единого, и раз уж большинство из них уничтожено, то пусть уберут с дороги также и молодого Федора Борисовича с матерью, только тогда он приедет и будет им милостивым государем». Известие Буссова находит неожиданное подтверждение в английском сочинении 1605 г. Автор сочинения весьма неловко скомпановал черновые записки, полученные им от членов английского посольства. Поэтому сведения о письме самозванца оказались некстати включенными в рассказ о прибытии в Москву Г. Пушкина.

По словам англичан, в письме царя «Дмитрия» значилось, что он отправил к москвичам «лиц знатного происхождения как то: князя Федора Ивановича Мстиславского и князя Дмитрия Ивановича Шуйского — и поручил им лишить его врагов занимаемых ими мест и заключить в неволю Годуновых и иных, пока он не объявит дальнейшей своей воли, с тем чтобы истребить этих чудовищ кровопийц и изменников…».

Ф. И. Мстиславский и Д. И. Шуйский были как раз теми боярами, которые ездили в Серпухов. Английский автор попытался смягчить смысл приказа «Дмитрия», которого он всячески восхвалял. Однако рассказ Буссова показывает, что в письме из Серпухова самозванец требовал казни низложенного царя и прочих Годуновых (требовать их «заключения в неволю» не имело смысла, потому что все они еще прежде были взяты под стражу).

Взявшись выполнить поручение Лжедмитрия, руководители думы фактически санкционировали расправу с царской семьей.

Эмиссары самозванца в лице Гаврилы Пушкина и атамана Корелы уже находились в Москве. Но у Пушкина не было думного чина, а Корела не располагал достаточными силами, чтобы принудить к подчинению высший орган государства — думу.

Стремясь полностью подчинить столицу своему контролю, Отрепьев направил туда особую боярскую комиссию. Формально комиссию возглавлял князь В. В. Голицын, обладавший необходимым боярским чином. Фактически же главными доверенными лицами самозванца в московской комиссии были члены путивльской «воровской» думы В. М. Мосальский и дьяк Б. Сутупов. Вместе с комиссией в Москву был направлен П. Ф. Басманов. В «Сказании о Гришке Отрепьеве» упоминается о том, что посланцы Отрепьева явились в Москву «со многими людьми служивыми и с казаки», «Летопись о многих мятежах» уточняет, что Лжедмитрий вскоре «с ратию посла Петра Басманова». В. Д. Назаров отметил, что аналогичный текст о посылке Басманова в «Новом летописце» является неисправным по сравнению с текстом «Летописи о многих мятежах». (Обе летописи восходят к общему протографу.) Замечание В. Д. Назарова вполне справедливо. Однако разночтение в «Новом летописце» несет столь большую смысловую нагрузку, что объяснение его трудно свести к ошибке переписчика.