Согласно «Новому летописцу», «вор» отрядил в Москву «на злое свое умышление» Голицына и двух других лиц, «а страстию посла Петра Басманова». Иначе говоря, миссия Басманова заключалась в том, чтобы навести страх на столицу и искоренить там измену. Такое известие как нельзя лучше согласуется со всем, что известно о личности и делах Басманова из других источников.

Голицын привез в Москву обращение Лжедмитрия к священному собору, Боярской думе и «всему народу великой Москвы». Послание касалось судеб низложенной царской семьи и, по словам очевидцев, «было исполнено яда».

По прибытии в Москву посланцы Отрепьева без промедления выполнили его приказ. По одним сведениям, Годуновы были казнены в их присутствии. По другим сведениям, посланцы поручили проведение экзекуции дворянам М. Молчанову, А. Шерефединову и стрельцам.

Явившись на старое подворье Бориса Годунова, стрельцы захватили царицу и ее детей и развели «по храминам порознь». Царица Марья Скуратова обмерла от страха и не оказала никакого сопротивления. Федор Годунов, несмотря на молодость, отчаянно сопротивлялся, так что стрельцы долго не могли с ним справиться.

После казни боярин В. В. Голицын велел созвать перед домом народ и, выйдя на крыльцо, объявил «миру», что «царица и царевич со страстей испиша зелья и помроша, царевна же едва оживе». Новые власти сделали все, чтобы утвердить официальную версию смерти царя Федора и его матери. Но столичное население не поверило им.

Когда два простых гроба с убитыми были выставлены на общее обозрение, народ нескончаемой толпой двинулся на подворье Годуновых. Как записал шведский агент Петр Петрей, он видел собственными глазами вместе со многими тысячами людей следы от веревок, которыми были задушены царица Мария и царь Федор Годуновы.

Следуя версии о самоубийстве, бояре запретили совершить традиционный погребальный обряд над телами Марии и Федора Годуновых. Их отвезли в Варсунофьев монастырь и без всяких почестей и церемоний зарыли подле Бориса.

Распоряжавшийся в Кремле Б. Я. Бельский не принимал непосредственного участия в расправе с царицей Марией, которая была ему двоюродной сестрой. Басманов также оставался в стороне. Но именно эти лица довершили разгром Годуновых, их родни и приверженцев в Москве.

Имущество Годуновых, Сабуровых и Вельяминовых было отобрано в казну. Бояр Годуновых отправили в ссылку в Сибирь и в Нижнее Поволжье. Исключение было сделано лишь для недавнего правителя боярина С. М. Годунова. Его отправили в Переяславль-Залесский с приставом князем Ю. Приимковым-Ростовским. Везти боярина в дальние города не имело смысла. Пристав имел приказ умертвить его в тюрьме. По некоторым сведениям, С. М. Годунова уморили голодом.

По свидетельству Разрядных книг, в тюрьме был умерщвлен и старший из Годуновых — Степан Васильевич, который ранее в чине дворецкого возглавлял Дворцовый приказ.

15–16 июня 1605 г. власти прислали в Серпухов приставов с приказом везти арестованных Сабуровых и Вельяминовых в Казанский и Астраханский край. Старший из Сабуровых воевода Замятия Иванович попал в ссылку в Свияжск. Спустя четыре дня из Москвы повезли семьи опальных — жен и детей. Они должны были присоединиться к своим родным в местах ссылки.

Самозванец понимал, что сможет занять трон лишь после того, как добьется покорности от Боярской думы и руководства православной церкви. Между тем патриарх Иов не желал идти ни на какое соглашение со сторонниками Лжедмитрия. Неразборчивый в средствах Отрепьев пытался вести двойную игру. Провинцию он желал убедить в том, что Иов уже «узнал» в нем прирожденного государя. В столице Лжедмитрий готовил почву к расправе с непокорным патриархом.

Одна из провинциальных летописей сохранила тексты двух грамот «вора» к церковникам.