Подобно Филарету, Симеон получил послабления, но ему не разрешили вернуться в Москву. Годунов нашел время, чтобы написать ему утешительное послание. Государь обещал, что на свой день рождения он пожалует ссыльного и даст ему свободу. Однако обещание осталось невыполненным. Сколько бы мягкими не были гонения на служилого «царя», они дали почву для слухов, порочащих Годунова. Ослепший от старости Симеон сам жаловался Я. Маржарету, будто лишился зрения из-за Бориса, приславшего ему отравленного вина. В русских летописях то же обвинение приобрело мистический оттенок: царь якобы ослепил Симеона с помощью некоей «волшебной хитрости».

«Дело» Романовых и Бельского побудило власти произвести перемещения в среде высшей приказной бюрократии. После отставки Андрея Щелкалова пост главного дьяка «канцлера», по выражению иностранцев, перешел к его брату Василию. Некогда Щелкаловы оказали большие услуги Борису Годунову. Именно они вместе с Никитой Романовым помогли Годунову избежать отставки и утвердиться у власти. Позже между правителем Борисом и могущественными дьяками возникли трения, приведшие к падению Андрея Щелкалова. В период междуцарствия Василий Щелкалов поначалу выступал на стороне Боярской думы, считая, что дело Годунова проиграно. Именно он предложил народу от имени главных бояр ввести в стране боярское правление. Вслед за тем Щелкалов поспешил поддержать победившую партию Годуновых. В награду Борис сохранил за ним все его чины.

Ко времени ареста Романовых осенью 1600 г. Василий Щелкалов еще стоял во главе Посольского приказа. Но, по наблюдению Б. Н. Флори, он не играл существенной роли в происходивших тогда ответственных переговорах с литовскими, на затем шведскими послами. Главным оратором на переговорах с русской стороны выступил преданный Борису дьяк А. И. Власьев, не имевший даже думного чина. К февралю 1601 г. Власьев стал думным дьяком Посольского приказа, а к маю — июню Василий Щелкалов окончательно впал в немилость и лишился власти. Дьяк Иван Тимофеев, близко знавший Щелкаловых, утверждал, будто Борис подверг опале не только Андрея, но и Василия: «…обоих, якоже зверь некий обратився навспять, зубы своими угрызну». Василий Щелкалов испытал «бесчестное житье» и «отъятие» имения. Если Щелкалов в самом деле подвергся опале и лишился имущества, то опала, во всяком случае, оказалась непродолжительной. Спустя три года дьяк вновь владел своими обширными вотчинами. В первом походе против самозванца, в 1604 г., Щелкалов смог выставить в поле более полусотни вооруженных холопов. Этот факт дает наглядное представление о его земельных богатствах.

Главой приказной администрации фактически стал Афанасий Власьев, получивший чин думного дьяка от Бориса всего лишь двумя годами ранее.

По некоторым сведениям, опалы Бориса затронули Пушкиных. Глухое указание на это дает одна из Разрядных книг частной редакции: «Послал царь Борис в Сибирь Пушкиных Остафья с братьею за опалу, что на него доводили люди его Филипка да Гришка». В 1601 г. думный дворянин Евстафий Пушкин в самом деле выехал в Сибирь, но не в качестве опального, а как второй воевода главного сибирского города Тобольска. Там Пушкин вскоре же умер. Борис тотчас же пожаловал в думные дворяне брата Евстафия Ивана Большого Михайловича.

Упомянутая выше Разрядная книга сообщает, что царь раскручинился на младших братьев Евстафия — Леонтия и Ивана Меньшого Пушкиных, «поместья и вотчины у них велел отписать, а животы распродать», самих же послал в Сибирь. Подлинные боярские списки полностью опровергают эти сведения. В 1602–1603 гг. младшие Пушкины сохраняли свои поместья в Бежецком Верху. Леонтий Пушкин в те же годы ловил разбойников.

Критический анализ источников, таким образом, не подтверждает мнения о гонениях на Пушкиных.