На следующее утро Александр велел созвать всех своих воинов с оружием: он решил в соответствии с македонским обычаем предоставить дело Филоты на рассмотрение войска. Здесь Александр прямо обвинил Пармениона и Филоту в организации заговора. С обвинениями выступили также Аминта и Кэн. Наконец, прежде чем он начал свою речь, разыгралась характерная сцена. «Македоняне, — сказал Александр, — будут тебя судить. Я спрашиваю тебя: будешь ли ты среди них говорить на отеческом языке?» Филота отвечал: «Кроме македонян здесь много других, которые, я полагаю, легче поймут то, что я скажу, если я буду говорить на том же языке, на каком говорил и ты, не по какой-либо другой причине, думаю, но чтобы твою речь поняло общество». «Видите, — воскликнул Александр, — до какой степени Филот питает отвращение даже к языку отечества? Ведь он один брезгует его изучать. Но пусть говорит, что хочет, а вы помните, что он так же пренебрег нашими обычаями, как и языком». Этот диалог был для Александра очень важен, ведь его самого обвиняли в забвении македонских обычаев. Теперь ловким демагогическим приемом он обрушил это же самое обвинение на того, кого считал одним из руководителей старомакедонской оппозиции. Пародоксальность ситуации заключалась в том, что сам Александр только что говорил не по-македонски, а по-гречески.

Оправдаться Филоте не удалось, хотя ни Никомах, ни Кебалин в числе заговорщиков его не называли. Он не мог удовлетворительно объяснить свое молчание. Возбужденные солдаты требовали казни Филота. Ночью по настоянию Гефестиона, Кратера и Кэна Филоту подвергли пытке. Во время чудовищного по своей жестокости допроса Филота рассказал, будто уже в Египте, когда было объявлено о божественности Александра, Парменион и Гегелох (погибший в сражении при Гавгамелах) договорились убить Александра, но только после того, как будет уничтожен Дарий III; потом Филоту заставили признать свое участие в заговоре, В настоящее время трудно судить, насколько показания Филоты, вырванные у него под пыткой, соответствовали действительности. Плутарх называет обвинения, возводившиеся на Филоту, «мириадами клевет».

Александр лично присутствовал при истязании. Лежа за занавеской, он слушал показания Филоты, перемежавшиеся отчаянными воплями и униженными мольбами о пощаде, обращенными к Гефестиону. Александр даже воскликнул: «Таким-то малодушным будучи, Филот, и Трусом, ты посягаешь на подобные дела?!»

Расправившись с заговорщиками, Александр вступил в Бактрию и дав, солдатам короткий отдых, пошел через пустыню, чтобы настигнуть и разгромить еще одного из бунтовщиков — Бесса. Через некоторое время Бесс был схвачен и отдан на расправу ближайшим родственникам Дария. По свидетельству Плутарха, его привязали к верхушкам двух согнутых деревьев, а потом деревья отпустили — и его тело было разорвано пополам.

Затем через Согдию Александр двинулся к реке, которую местные жители называли Орксант (соврем. Сырдарья), а греки ошибочно, хотя со своей точки и вполне последовательно, приняли за Танаис (соврем. Дон). Во время этого перехода македонские фуражиры подверглись нападению согдийцев. Около 30 тыс. повстанцев закрепились на неприступной скале, и македоняне смогли взять ее лишь с огромным трудом и ценой больших потерь. Сам Александр был тяжело ранен в бедро. Оборонявшиеся согдийцы стали жертвой чудовищного избиения.