Зато после низложения Василия Шуйского Гермоген становится очень важным лицом в политической игре. Один из немногих государственных деятелей, Гермоген разгадывает далеко идущие планы поляков. Он категорически требует от королевича Владислава, которого бояре выбрали на московский престол, принятия православия, протестует против впуска польских отрядов в Москву. Когда бояре все же открыли ворота перед гетманом Жолкевским, патриарх отказывается общаться с ним, как и со сменившим его гетманом полководцем Гонсевским. Когда же польский король Сигизмунд потребовал от бояр сдать его войскам Смоленск, Гермоген отказался поставить свою подпись под составленной боярами соответствующей «разрешительной» грамотой. И это несмотря на то, что боярин Салтыков даже угрожал святейшему ножом.

Грамота была послана русским послам, находившимся у Сигизмунда, но без имени патриарха, что позволило им отказаться от исполнения боярского приказания. Гермоген стал открытым врагом поляков. Он рассылает по всем городам грамоты с заклинанием сопротивляться иноземцам и ни на какой сговор с ними не идти. И здесь начинается самая трагическая страница противостояния патриарха и бояр.

Когда к Москве подошло ополчение Захара Ляпунова, поляки и бояре потребовали от патриарха подписать приказ ополчению разойтись. В противном случае Гермогену угрожали смертью. Когда тем не менее патриарх отказался, его подвергли особо тяжелому заключению в подвалах Чудова монастыря.

В следующий раз Гермоген отказался подписать бумагу о согласии с провозглашением царем сына Марины Мнишек Ивана. Более того, неистовый патриарх умудряется послать в Нижний Новгород грамоту против действий казачьих атаманов, поддерживавших Марину: «Отнюдь Маринкин на царство не надобен: проклят от святого собора и от нас».

Противостояние завершилось очень скоро. Грамота Гермогена ускорила формирование народного ополчения в Нижнем Новгороде, будучи предварительно разослана по многим русским городам. Узнав о начавшихся приготовлениях к походу на Москву, бояре и польские военачальники еще раз потребовали подписи патриарха: он должен был убедить нижегородцев оставаться верными присяге, которую они принесли королевичу Владиславу.

Гневный ответ Гермогена когда-то в предреволюционные годы стоял во всех школьных учебниках: «Да будет над ними (ополченцами) милость от Бога и благословение от нашего смирения! А на изменников да излиет гнев Божий и да будут они прокляты в сем веке и в будущем».

Кончина Гермогена наступила от голода: ему перестали давать еду и воду.

В Чудовом монастыре нашел свой светский конец «боярский царь» Василий Шуйский. Постриженный в монахи, он в 1610 году вместе с тремя своими братьями был вывезен в Польшу гетманом Жолкевским, причем гетман распорядился снять с Василия монашеское платье и облачить в царские одежды. Польскому королю должен был быть представлен не смиренный инок, а русский царь.

В годы правления императрицы Елизаветы Петровны Чудов монастырь приобретает новый статус. С учреждением самостоятельной Московской епархии монастырь отдается с июня 1744 года в полное распоряжение и владение для жительства епархиальному архиерею с наименованием кафедральным монастырем.

Первым епархиальным архиереем стал Иосиф Вичанский, почти сразу же умерший и похороненный в Чудовом монастыре. Второй архиерей, Платон Малиновский, поселился в чудовских палатах, куда перевел и Духовную Консисторию. Платон прославился великолепным чудовским хором певчих, которых он собирал по всей Москве и в других городах вплоть до Малороссии. Он был погребен в церкви Чуда, как и его прямые преемники: киевский митрополит Тимофей Щербацкий, Амвросий Зертис-Каменский, убитый во время так называемого чумного бунта 1771 года, Платон Левшин.