Особую страницу в истории монастыря представляли погребения в его стенах и храмах. Многие ложились здесь в землю, отпетые самим патриархом, настолько знатными были их семьи. «У церкви Благовещения, на полуденной стороне» покоился с 1565 года прах казанского царя Едигера, захваченного при взятии Казани и получившего в крещении имя Симеона Касаевича. Патриарх отпел в 1667 году воспитателя царя Алексея Михайловича боярина Бориса Ивановича Морозова. Здесь были Салтыковы, Собакины, Куракины, Одоевские, Засецкие, Пушкины, Оболенские, Колтовские, Стрешневы, Хованские, Трубецкие…

Многие годы продолжалось поминание писателя Епифания Славинецкого. Он был вызван в 1649 году из Киева для обучения детей греческому языку и особенно для перевода церковных книг. Жил он сначала в Андреевском, затем в Чудовом монастыре и на Крутицах и умер в 1675 году, оставив после себя значительное состояние, которое было целиком роздано на помин. Характерны сами по себе расходы на погребение.

Обошлось оно в 90 рублей и 18 золотых, из которых 15 поднесено патриарху, два Симеону Полоцкому и один духовнику Новодевичьего монастыря. На сорокоуст роздано около 70 рублей. Небольшими суммами деньги поступали в немногие церкви Чудова, Вознесенского и Знаменского монастырей, а также в приходские – на неделю по алтыну. В «третины», «девятины», «полусорочины» и в «сорочины» в Чудов монастырь на стол братии по 5 рублей. Нищим и в тюрьмы, и богадельни роздано более 70 рублей, а также в Тиунскую избу подначальным церковникам около 5 рублей. На вечный помин покойного по указу патриарха особенно много роздано в Киевские монастыри – 500 золотых и 200 ефимков (талеров).

Шестьдесят копеек было выдано дьякону Путивльского Молчинского монастыря, выдающемуся просветителю и писателю Кариону Истомину. В 1692 году Карион издал свой Лицевой букварь, а ранее воспевал в стихах царевну Софью. Известна его многословная поэма на брак Петра I с Евдокией Лопухиной. Скончался Карион монахом в 1722 году. Его надгробие находилось в южной стене храма Чуда, рядом с надгробием известного московского юродивого Тимофея Архипова, жившего сначала при дворе царицы Прасковьи Федоровны, невестки Петра I, а затем ее дочери царевны Прасковьи Иоанновны. Это ему принадлежали ставшие крылатыми слова, сказанные в начале 1730-х годов: «Нам, русским, не надобен хлеб: мы друг друга жрем, и тем сыты бываем».

В соборном храме Чудова монастыря завершается бурная история патриарха Никона, «собинного друга», как долгие годы величал иерарха царь Алексей Михайлович. Решив удалить патриарха от своего двора главным образом из-за его честолюбия, властолюбия и откровенного стремления поставить церковь выше государства, более того – лишить его сана, Алексей Михайлович долгое время не решается принять окончательное постановление. К тому же вселенские патриархи, к которым царь обращался за советом, поддерживали Никона, советовали помириться с ним.

После долгих и очень трудных для Алексея Михайловича препирательств и с самим Никоном, и с многочисленными его врагами среди придворной знати удалось дождаться приезда в Москву самих вселенских патриархов для рассмотрения дела Никона. В декабре 1666 года начался суд в присутствии царя, который предъявил обвинения и объяснения. В конце концов Собор признал Никона виновным в том, что он произносил хулы на царя, «называя его латиномудренником и мучителем, и на всю русскую церковь, говоря, будто она впала в латинские догматы». В вину Никону было поставлено и то, что он низверг Коломенского епископа Павла, был жесток с подчиненными, наказывал их палками и даже пытал огнем.

12 декабря 1666 года суд совершился в чудовской церкви Благовещения, где вселенские патриархи Паисий Александрийский и Макарий Антиохийский сняли с Никона патриарший сан, клобук и панагию.