За высылкой Байрама последовал т.н. "период дурного правления"" (1560-1562). Иначе его называли "периодом правления юбок". Реальная власть находилась у узбекской клики родственников кормилицы Акбара. Однако эта сила не была слишком уж велика; когда в 1562 году период учения Акбара кончился, он отстранил клику от власти и сам стал управлять государством, а его министры с этого времени занимали строго подчиненное положение. "Злоупотребления везира Байрам-хана своей неограниченной властью послужили предупреждением против назначения всемогущего везира. Должность вакила (советника) была сохранена, но ни один из вакилов после Байрам-хана не имел власти и влияния премьер-министра..." (Н. Синха, А.Бенерджи.) Так кончилось пятилетие гражданского противостояния и открылась дорога к единовластию Акбара.

Итак, "отстранив временщиков, Акбар стал править самостоятельно. К этому времени ему исполнилось 18 лет. Это был умный, сильный, смелый юноша, любивший охоту и рискованную езду на возбужденных слонах, обладавший феноменальной памятью, но, несмотря на все усилия своих воспитателей, не желавший ни читать, ни писать" (К.Антонова). Как похожи описания юношей-богатырей в начале славных дел, так любящих сражаться, скакать на слонах или забавляться с потешным флотом. Одна только странная деталь нежелание читать и писать. То ли это знак второй фазы, в которой важнее быть плотником или сыном сапожника, чем интеллектуалом и ученым, то ли это, напротив, цена, заплаченная Акбаром за его достаточно почтительное отношение к грамотеям и умникам.

"Уже в раннем возрасте он понял, что править Индией можно, лишь опираясь как на мусульман, так и на индусов. Первым делом он решил заручиться поддержкой воинственных раджпутов и заключил с ними союзы, скрепленные его браком с раджпутскими княжнами. В могольскую армию влилась раджпутская конница, возглавляемая Ман Сингхом" (К.Антонова). "Раджпуты стали самыми преданными воинами падишаха. Треть могольской конницы набиралась среди раджпутов" (Н.Синха, А.Бенерджи). Тод характеризует Акбара как "первого, кто успешно сокрушил независимость раджпутов... он смог позолотить цепи, которыми он связал раджпутов".

С помощью союзников-раджпутов Акбар покорил сопротивляющиеся раджпутские княжества (1568-69). В 1572 году был завоеван Гуджарат, потом Бенгалия (1574-76). До этого были завоеваны Мальва (1560-61), Гондвана (1564). Таким образом, старт второй фазы оказался весьма мощным по размаху политической экспансии. Однако политическая (военная) экспансия не может быть единственным содержанием революционной второй фазы. Вот почему после Бенгалии "завоевания временно прекратились. На передний план выдвинулись вопросы внутреннего устройства огромной империи. Население, вошедшее в состав Могольской империи, принадлежало к многочисленным племенам и народам, говорило на разных языках, находилось на разных уровнях общественного развития и было разделено кастовыми перегородками и религиозными воззрениями. Однако большинство жило в узком мирке сельской общины, крестьяне уплачивали ренту государству в виде налога с земли. Правительство было заинтересовано в бесперебойном поступлении этой ренты-налога, но в хозяйственную деятельность крестьян ни государство, ни феодалы не вмешивались. Встав во главе огромного государства, Акбар решил, что настало время упорядочить всю систему управления. Мероприятия Акбара были направлены на то, чтобы упорядочить господство его династии и мусульман-феодалов в Индии.