Годунов всеми силами старался привлечь на свою сторону духовенство. Задуманная им реорганизация высшей церковной иерархии была мерой прежде всего политической. Правитель Борис Годунов не без основания рассчитывал на то, что патриарший сан укрепит авторитет его ставленника Иова, а раздача новых митрополичьих и архиепископских должностей поможет ему достичь согласия с высшими иерархами. Годунов готов был заплатить любую цену, чтобы добиться успеха в переговорах с греками. Учреждение патриаршества стало для него вопросом личного престижа.

Сколь бы тяжким ни казалось московское гостеприимство, константинопольский патриарх по-своему ценил его. Прошло шестнадцать лет с тех пор, как он впервые занял пост главы православной церкви. Турки дважды сгоняли его с престола. Четыре года Иеремия провел в изгнании. Из последней ссылки он вернулся незадолго до отъезда в Москву. Испытав превратности судьбы, столкнувшись с предательством епископов, произволом иноверцев-завоевателей, изгнанный из собственной резиденции и ограбленный, престарелый патриарх не прочь был сменить Константинополь на Москву, тем более что, несмотря на внешние ограничения, греки жили в православной столице в полном довольстве и покое.

Однажды патриарх, беседуя с ближайшими советниками, заявил, что не хочет учреждать в Москве патриаршество, «а если бы и хотел, то сам остаться (здесь. — Р.С.) — патриархом». Записавший его слова Дорофей замечает, что в окружении Иеремии были «люди недобрые и нечестные, и все, что слышали, они передавали толмачам, а те доносили самому царю». Почти нет сомнений в том, что Дорофей, говоря о нечестивых советниках, имел в виду архиепископа Арсения, выступившего горячим сторонником московского проекта.

Принимая решение перенести свою кафедру в Москву, патриарх руководствовался не только соображениями личного благополучия, но и более существенными политическими целями. Византийская церковь не оставляла надежд на избавление своего народа от турецкого ига. Знаменитый Максим Грек связывал грядущее освобождение родины с борьбой России против Турции. В письмах к Василию III он выражал надежду на то, что православная Русь поможет возрождению «нового Рима» — Византийского царства и «от отеческих твоих престол наследника покажет и свободы свет тобою да подаст нам, бедным». Подобно Максиму, патриарх Иеремия также рассчитывал на помощь Москвы в деле освобождения Греции от турок. Но он и его спутники избегали огласки переговоров, связанных с внешнеполитическими целями, боясь мести со стороны турок.

Одновременно с Иеремией в Москву прибыл английский посол Джильс Флетчер. Ему стоило большого труда разузнать о секретных переговорах Иеремии. Записки Флетчера подтверждают, что Иеремия сам предложил царю перенести патриарший престол из Константинополя в Москву. Грек подкрепил свое решение следующими доводами: во-первых, престол патриарший находится под властью турок — врагов веры, почему и следует перенести его в какое-нибудь другое государство, исповедующее христианскую веру; во-вторых, русская церковь остается единственной законной дщерью церкви греческой, следуя одному с ней учению и одинаковым обрядам, между тем как прочие единоверцы подчинились туркам и отступились от истинной религии. В определенной мере решение патриарха было связано с надеждами на создание в Европе мощной антитурецкой лиги, способной освободить Византию от ига. По словам Флетчера, Иеремия приехал в Россию, чтобы способствовать заключению союза между царем и испанскими Габсбургами, которые могли оказать наибольшую помощь в борьбе с турками. К участию в лиге предполагалось привлечь также австрийских Габсбургов. Слухи об объединении католических сил не на шутку пугали английского посла, и он, по всей видимости, преувеличивал возможности такой коалиции. Накануне похода непобедимой Армады к берегам протестантской Англии ее дипломатам повсюду чудились интриги и козни папской курии.