Когда патриарх Иеремия и его спутники по дороге в Москву проезжали через польские земли, канцлер Я. Замойский пригласил их к себе в Замостье и попытался прозондировать почву относительно возможности перенесения патриаршего престола из Константинополя в Киев, находившийся в пределах Речи Посполитой. После беседы с Иеремией канцлер записал: «Мне показалось, что он всему этому не чужд». Благодаря услужливости Арсения о беседе с канцлером узнали в Москве. Сообщение встревожило русское правительство и побудило его к энергичным действиям.

В Москве патриарха постарались надежно изолировать от внешнего мира. Приставы и стража никого не пускали к Иеремии, да и самому ему запретили покидать двор. Даже на базар патриаршие люди ходили со стражниками. Греков держали как пленников, но при этом обращались с ними самым почтительным образом и предоставили им всевозможные блага. Им дали просторные хоромы, убранные по-царски и пригодные для постоянных богослужений. Из дворца узникам постоянно доставляли изысканную еду и обильное питье. Патриарху полагалось ежедневно десять блюд, три кружки хмельного меду — боярского, вишневого и малинового, ведро паточного меду и полведра квасу. Между тем властители Кремля более не вызывали к себе византийцев и, казалось бы, окончательно забыли о них. И так, повествует Арсений, «дни проходили за днями, недели за неделями».

В действительности внимание московских властей было целиком поглощено внутренними и внешними трудностями. С разных сторон государству грозили вражеские вторжения. Многочисленные отряды крымских татар в 1587 году жестоко опустошили южные уезды России. Вновь избранный на польский трон шведский королевич Сигизмунд III планировал немедленную войну против России. Личная уния Швеции и Речи Посполитой вела к возрождению мощной антирусской коалиции. Война на северных, западных и южных рубежах грозила разоренной стране неисчислимыми бедствиями. В разгар переговоров с греками Россия была потрясена слухами о тайной казни бывшего регента Ивана Шуйского — старца Ионы.

В связи с неблагоприятными климатическими условиями значительная часть урожая 1587–1588 годов погибла, цены на хлеб поднялись и начался голод. С наступлением весны власти ждали новых народных выступлений, вследствие чего был отдан приказ о размещении в Москве усиленных военных нарядов. На улицах столицы громадные толпы горожан собирались вокруг юродивого, резко нападавшего на Годуновых. «В настоящее время, — писал английский посол Флетчер в 1588 году, — кроме других есть один в Москве, который ходит голый по улицам и восстанавливает всех против правительства, особенно же Годуновых, которых почитают притеснителями всего государства». Имя юродивого, упомянутого послом, известно из русских источников. Это был Ивашка, по прозвищу Большой Колпак. Он ходил почти ничем не прикрытый, а когда видел на паперти или на площади правителя Бориса, начинал бормотать и выкрикивать: «Умная голова, разбирай божьи дела! Бог долго ждет, да больно бьет!»

В дни переговоров с константинопольским патриархом вся Москва была взбудоражена слухами о чудесах, происходивших у могилы Василия Блаженного. Этот «дивный нагоходец» был едва ли не самым знаменитым русским юродивым. Он умер еще при жизни царя Ивана. С начала августа 1588 года неизлечимые больные, страдавшие различными недугами, получали от Блаженного исцеление. Сам царь Федор заинтересовался новым чудотворцем и велел сделать над его гробом серебряную с позолотой раку, украшенную «камением з жемчюги».